LXL04_020942 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020942

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 115911766-115914578 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1140 bp · LXL04_020942|LXL04_020942|OH1004|cDNA

ATGGCAACAAACCCAGATGAAGAGGTTGTTCTTGCCGAAAACAAAGGGAATGTGAGATTGATCACCTTGAATCAGCCAAAAAAACTAAatatcatttcatcaaaagTGGTTTATTTATTGGCACAAAATTTGGAGAAATGGGAAAAAGATGAAGACGCAAAGCTAGTGATCATTAAGGGCGCAGGTCGTGCATTTTCTTCTGGCGGCGATCTAAAAATGTTTTATGATGGAAGGACATCAAAGGATTCATGTCTTGAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · LXL04_020942|LXL04_020942|OH1004|CDS

ATGGCAACAAACCCAGATGAAGAGGTTGTTCTTGCCGAAAACAAAGGGAATGTGAGATTGATCACCTTGAATCAGCCAAAAAAACTAAATATCATTTCATCAAAAGTGGTTTATTTATTGGCACAAAATTTGGAGAAATGGGAAAAAGATGAAGACGCAAAGCTAGTGATCATTAAGGGCGCAGGTCGTGCATTTTCTTCTGGCGGCGATCTAAAAATGTTTTATGATGGAAGGACATCAAAGGATTCATGTCTTGAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · LXL04_020942|LXL04_020942|OH1004|PROTEIN

MATNPDEEVVLAENKGNVRLITLNQPKKLNIISSKVVYLLAQNLEKWEKDEDAKLVIIKGAGRAFSSGGDLKMFYDGRTSKDSCLEVVYRFYWLCYHIHTYKKPQVALVHGISMGGGASLMVPIKFSVVTEKTVFATPEASIGFHTDCGFSYILSRLPGHLGEYIALTGARLSGAELVAAKLATHLVPLDKLSMLESRLVSLNSGDEEAVKSAIEEFSLSVQISEESVLSKQSIINECFSKDSVEEIIETFEAESRKEGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020942`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020942

位置 Chr04:115911766-115914578 (-)

描述 Similar to At1g06550: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06550`	3-羟基异丁酰辅酶A 水解酶样蛋白 5。	暂无已核实直接文献
`At5g65940`	参与缬氨酸分解代谢。	Arabidopsis Chy1 null mutants are deficient in benzoic acid-containing glucosinolates in the seeds.2009 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2008.00160.x
`At2g30660`	参与缬氨酸分解代谢。	暂无已核实直接文献
`At2g30650`	参与缬氨酸分解代谢。	暂无已核实直接文献
`At4g31810`	小核糖体亚基蛋白 mS47。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020942 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006574 L-valine catabolic process 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003860 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06550

ath:AT2G30650

ath:AT2G30660

ath:AT4G31810

ath:AT5G65940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.622

排名 1 · LXL04_020942 · OH-1004

过氧化物酶体0.198

排名 2 · LXL04_020942 · OH-1004

细胞核0.186

排名 3 · LXL04_020942 · OH-1004

线粒体0.122

排名 4 · LXL04_020942 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 5 · LXL04_020942 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00378.26ECH_114-256 aa

PF16113.11ECH_218-350 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020942	`PF00378.26`	ECH_1	14	256	3.8e-30	105.8
LXL04_020942	`PF16113.11`	ECH_2	18	350	1.5e-112	377.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHJ8`	拟南芥	3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 5	70.822%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LKJ1`	拟南芥	3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 1	42.254%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NMB0`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 3	42.566%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PEY5`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 2	42.197%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RXN4`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS47	42.373%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情