LXL04_020065 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020065

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 50463651-50465527 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1116 bp · LXL04_020065|LXL04_020065|OH1004|cDNA

ATGGCACTTTCCGTACTCCCACCATCGAAATGTGGCTGCCATTATCAGTTTTACAGGACAAGGATAACTCAACAAAGAACGCGAAATTCCGCCATGATTATCCGGATGACGGCGTCAAGTGGAGGAGGAACAGGGGGTCGATTGGCGTCGTACGAAGAAGGGGAACTGGAAAGACCTAACTGGACAGGTCAAACCCCTCTTTCTCGCCTTGTTGCTGCCCTAATTTCATTCAAACCTCTCTATTCTGTGCTCAAACTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1116 bp · LXL04_020065|LXL04_020065|OH1004|CDS

ATGGCACTTTCCGTACTCCCACCATCGAAATGTGGCTGCCATTATCAGTTTTACAGGACAAGGATAACTCAACAAAGAACGCGAAATTCCGCCATGATTATCCGGATGACGGCGTCAAGTGGAGGAGGAACAGGGGGTCGATTGGCGTCGTACGAAGAAGGGGAACTGGAAAGACCTAACTGGACAGGTCAAACCCCTCTTTCTCGCCTTGTTGCTGCCCTAATTTCATTCAAACCTCTCTATTCTGTGCTCAAACTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

371 aa · LXL04_020065|LXL04_020065|OH1004|PROTEIN

MALSVLPPSKCGCHYQFYRTRITQQRTRNSAMIIRMTASSGGGTGGRLASYEEGELERPNWTGQTPLSRLVAALISFKPLYSVLKLGARQVLISTAEKTNVPWREMTKEILESDVYKEMESIENPSIVYPDYYLSPFHAYDEGNLSWLAAAEAEAATMSMVRRAIPDASSLDEANEIVRGNWLNAIEKHHQHYSGNLEIRDILDIGCSVGVSTRFLAHKFPSAKLTGLDLSPYFLAVAQYKEKRRNSRSNSIEWIHANGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020065`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_020065`
位置	Chr04:50463651-50465527 (+)
描述	Similar to coq-5: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_020065` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程 GO:0009234 menaquinone biosynthetic process 生物过程 GO:0017000 antibiotic biosynthetic process 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0042372 phylloquinone biosynthetic process 生物过程 GO:0031314 extrinsic component of mitochondrial inner membrane 细胞组分 GO:0008425 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methyltransferase activity 分子功能 GO:0008757 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity 分子功能 GO:0043770 demethylmenaquinone methyltransferase activity 分子功能 GO:0052624 2-phytyl-1,4-naphthoquinone methyltransferase activity 分子功能 GO:0102307 erythromycin 3''-o-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_ZK652.9 oih:OB1789 sen:SACE_0728 tel:tll2373 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.970

排名 1 · LXL04_020065 · OH-1004

线粒体0.038

排名 2 · LXL04_020065 · OH-1004

细胞核0.015

排名 3 · LXL04_020065 · OH-1004

细胞质0.014

排名 4 · LXL04_020065 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_020065 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01209.25Ubie_methyltran182-311 aa

PF05175.21MTS199-310 aa

PF13489.13Methyltransf_23200-354 aa

PF13649.13Methyltransf_25202-301 aa

PF13847.13Methyltransf_31202-309 aa

PF08241.19Methyltransf_11203-305 aa

PF08242.19Methyltransf_12203-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020065	`PF01209.25`	Ubie_methyltran	182	311	1.1e-15	58.3
LXL04_020065	`PF05175.21`	MTS	199	310	1.7e-06	28.4
LXL04_020065	`PF13489.13`	Methyltransf_23	200	354	1e-08	35.8
LXL04_020065	`PF13649.13`	Methyltransf_25	202	301	5e-19	69.5
LXL04_020065	`PF13847.13`	Methyltransf_31	202	309	1.1e-10	42.2
LXL04_020065	`PF08241.19`	Methyltransf_11	203	305	8.3e-19	68.7
LXL04_020065	`PF08242.19`	Methyltransf_12	203	303	1.6e-15	58.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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