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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_019549
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 33631855-33639034 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5097 bp · LXL04_019549|LXL04_019549|OH1004|cDNA

ATGTCGTCAGGGTCTCAAGCCCTAGGCGGCCAATCCCGCTGCGGATGGCTACTGGGGCCATCACTCGACAAGATCATAAAAAATGCTGCTTGGCGCAAACACTCTCACATCGTCGCTGCCTGCAAATCCGCCCTCGACAAGCTCGAAACCCTCACCGACGATTCTTCCGCATCAACTCCTCTATACGGCGTCGCCTCCGTCTCTGATGCCGAGTCCTTCATCCAGCCTCTCATCCTAGCCATTGATTCATCTTCCCCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

5097 bp · LXL04_019549|LXL04_019549|OH1004|CDS

ATGTCGTCAGGGTCTCAAGCCCTAGGCGGCCAATCCCGCTGCGGATGGCTACTGGGGCCATCACTCGACAAGATCATAAAAAATGCTGCTTGGCGCAAACACTCTCACATCGTCGCTGCCTGCAAATCCGCCCTCGACAAGCTCGAAACCCTCACCGACGATTCTTCCGCATCAACTCCTCTATACGGCGTCGCCTCCGTCTCTGATGCCGAGTCCTTCATCCAGCCTCTCATCCTAGCCATTGATTCATCTTCCCCTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1698 aa · LXL04_019549|LXL04_019549|OH1004|PROTEIN

MSSGSQALGGQSRCGWLLGPSLDKIIKNAAWRKHSHIVAACKSALDKLETLTDDSSASTPLYGVASVSDAESFIQPLILAIDSSSPKVVEPALDCSYRLFSLRLIRCEIDPSEHPHSIIFRLIDSICKCSGLGEEAVELAILKTLLAAVRSSTVLIRADCLNQIVKTCYNIYLGGVNGTNQICAKSVLAQMMAIIFARVEGDSLLVTFNTVSVTELLEFNDRNLNEGSSIQFVQNFINEVVFTNVVDADLNAKPLPELQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_019549
TK1151 IDTkA05G062510
OH-1004 IDLXL04_019549
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_019549
位置Chr04:33631855-33639034 (-)
描述Similar to BIG1: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g38200 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g35380 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g60860 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g01960 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g43300 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。
Effector-triggered immunity blocks pathogen degradation of an immunity-associated vesicle traffic regulator in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1103338108

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019549 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0009561 megagametogenesis 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0031338 regulation of vesicle fusion 生物过程
GO:0032012 regulation of ARF protein signal transduction 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01960
ath:AT3G43300
ath:AT3G60860
ath:AT4G35380
ath:AT4G38200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.482
排名 1 · LXL04_019549 · OH-1004
细胞质0.476
排名 2 · LXL04_019549 · OH-1004
内质网0.133
排名 3 · LXL04_019549 · OH-1004
溶酶体／液泡0.127
排名 4 · LXL04_019549 · OH-1004
细胞膜0.126
排名 5 · LXL04_019549 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16213.12DCB24-201 aa
PF12783.14Sec7-like_HUS290-447 aa
PF01369.26Sec7559-740 aa
PF09324.16Sec7-like_HDS1113-1195 aa
PF16206.10Mon2_C1232-1356 aa
PF20252.4BIG2_C1496-1688 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_019549PF16213.12DCB242011.4e-28100.6
LXL04_019549PF12783.14Sec7-like_HUS2904479.3e-41140.1
LXL04_019549PF01369.26Sec75597401.9e-77259.7
LXL04_019549PF09324.16Sec7-like_HDS111311954.5e-32110.5
LXL04_019549PF16206.10Mon2_C123213564.9e-0935.6
LXL04_019549PF20252.4BIG2_C149616884.7e-30105.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JSZ5拟南芥Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 163.979%Swiss-Prot强数据库同源证据
F4JN05拟南芥Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 459.389%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LZX8拟南芥Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 248.554%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LPC5拟南芥Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 349.409%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4IXW2拟南芥Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 535.137%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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