LXL04_019456 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019456

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 31670487-31672573 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1817 bp · LXL04_019456|LXL04_019456|OH1004|cDNA

ATGAAATTGAAATACGCTCCTTCctttctctttcttcttttctctcTCTTGGTTACCGTTAAGCCAGACCTCTCCGTCGACAGATCAGCCATCCTCGCCATCCGTTCCTCCGTCGGTGGCCGGTCCATACTCTGGAACATCTCTCAACCCGCCACACCATGCACATGGCCAGGCGTCGTCTGCGACACCAAAATAAACCGCGTCGTGGAGCTCCATTTCCCCGGAATGGGTCTCTCCGGCGAACTCCCATCAAATACACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1767 bp · LXL04_019456|LXL04_019456|OH1004|CDS

ATGAAATTGAAATACGCTCCTTCCTTTCTCTTTCTTCTTTTCTCTCTCTTGGTTACCGTTAAGCCAGACCTCTCCGTCGACAGATCAGCCATCCTCGCCATCCGTTCCTCCGTCGGTGGCCGGTCCATACTCTGGAACATCTCTCAACCCGCCACACCATGCACATGGCCAGGCGTCGTCTGCGACACCAAAATAAACCGCGTCGTGGAGCTCCATTTCCCCGGAATGGGTCTCTCCGGCGAACTCCCATCAAATACACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

588 aa · LXL04_019456|LXL04_019456|OH1004|PROTEIN

MKLKYAPSFLFLLFSLLVTVKPDLSVDRSAILAIRSSVGGRSILWNISQPATPCTWPGVVCDTKINRVVELHFPGMGLSGELPSNTLGNLTQLTTLSIRYNALSGQLPVDIFSLTNLRNLYLQDNLFSGPIPDLFSPLGNLVRVSFAGNNFSGPIPYSVNNLTRLAKFDVSNNQLTGEIPSKFVDFPVSAFSGNSLCGRPLVACNGSETSSSSSSKLSGGAIAGIVIGSLFIFLLISYIFFLCCKKRNQNDEMKSKDLGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019456`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019456

位置 Chr04:31670487-31672573 (-)

描述 Similar to RKL1: Probable inactive receptor kinase At1g48480

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48480`	可能的非活性受体激酶 At1g48480。	暂无已核实直接文献
`At3g17840`	可能不活跃的受体激酶 RLK902。	暂无已核实直接文献
`At5g16590`	可能参与生长促进真菌的早期识别。	A leucine-rich repeat protein is required for growth promotion and enhanced seed production mediated by the endophytic fungus Piriformospora indica in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03028.x
`At3g02880`	可能失活的受体激酶 At3g02880。	暂无已核实直接文献
`At2g26730`	可能失活的受体激酶 At2g26730。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019456 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0022898 regulation of transmembrane transporter activity 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48480

ath:AT2G26730

ath:AT3G02880

ath:AT3G17840

ath:AT5G16590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.890

排名 1 · LXL04_019456 · OH-1004

内质网0.071

排名 2 · LXL04_019456 · OH-1004

细胞质0.071

排名 3 · LXL04_019456 · OH-1004

细胞核0.049

排名 4 · LXL04_019456 · OH-1004

溶酶体／液泡0.019

排名 5 · LXL04_019456 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_226-62 aa

PF13855.13LRR_882-126 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr324-582 aa

PF00069.32Pkinase324-579 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019456	`PF08263.18`	LRRNT_2	26	62	3.8e-06	27.8
LXL04_019456	`PF13855.13`	LRR_8	82	126	1e-06	29.1
LXL04_019456	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	324	582	1.4e-33	117.1
LXL04_019456	`PF00069.32`	Pkinase	324	579	8.3e-32	111.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LP77`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At1g48480	52.674%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LVI6`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase RLK902	52.846%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMD7`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At5g16590	50.571%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M8T0`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At3g02880	50.080%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48788`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At2g26730	46.440%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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