LXL04_019428 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019428

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 31120193-31122912 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

882 bp · LXL04_019428|LXL04_019428|OH1004|cDNA

ATGTATTCTTCGTCTACCGGAGAATTTGATAGGATTCCTCTGGATATATTTATGCGAATCGTGAAGCTGCTAGCTCCGAAGGAGGTCGCTATGCTGACGGCAGTTTGCAAGTCGTGGAAATTAATTGTCTCTGATAATAGGTTATGGGTGTCCTACCTCCAGAACCAGCATCTTCCCTGTCGTGACCTTCAATTTTGGTTGTTAAAATTCTTGTTTGTACTAACTTACGAATTTCTTCATGAAGTTTTTGGGTATGAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

882 bp · LXL04_019428|LXL04_019428|OH1004|CDS

ATGTATTCTTCGTCTACCGGAGAATTTGATAGGATTCCTCTGGATATATTTATGCGAATCGTGAAGCTGCTAGCTCCGAAGGAGGTCGCTATGCTGACGGCAGTTTGCAAGTCGTGGAAATTAATTGTCTCTGATAATAGGTTATGGGTGTCCTACCTCCAGAACCAGCATCTTCCCTGTCGTGACCTTCAATTTTGGTTGTTAAAATTCTTGTTTGTACTAACTTACGAATTTCTTCATGAAGTTTTTGGGTATGAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

293 aa · LXL04_019428|LXL04_019428|OH1004|PROTEIN

MYSSSTGEFDRIPLDIFMRIVKLLAPKEVAMLTAVCKSWKLIVSDNRLWVSYLQNQHLPCRDLQFWLLKFLFVLTYEFLHEVFGYEPHSVWPIGVIALTNVTGFMPLPKTKVLASTAVFYTPFMRHIWTWIGFTEASRENFSSLLKSGYSCVIVPGGTQETFYMEHDSENVFLKTRKGFVRLAMENNCPLVPVFAFGQSYAYKWWKPRGELFLKFSRAIRFTPIAFWGILGSPLPFYQPIQVVVGRPINLKKHTTPTMEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019428`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019428

位置 Chr04:31120193-31122912 (+)

描述 Similar to DGAT2: Diacylglycerol O-acyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51520`	参与三酰甘油合成。	AtDGAT2 is a functional acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase and displays different acyl-CoA substrate preferences than AtDGAT1.2013 · DOI: 10.1016/j.febslet.2013.06.003 Function and localization of the Arabidopsis thaliana diacylglycerol acyltransferase DGAT2 expressed in yeast.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0092237

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019428 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006071 glycerol metabolic process 生物过程

GO:0006640 monoacylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0006651 diacylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0006672 ceramide metabolic process 生物过程

GO:0019432 triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0019915 lipid storage 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0035356 intracellular triglyceride homeostasis 生物过程

GO:0046460 neutral lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_ACR140C

ath:AT3G51520

ddi:DDB_G0290279

gmx:100784657

rcu:8258757

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.395

排名 1 · LXL04_019428 · OH-1004

线粒体0.283

排名 2 · LXL04_019428 · OH-1004

细胞质0.110

排名 3 · LXL04_019428 · OH-1004

过氧化物酶体0.101

排名 4 · LXL04_019428 · OH-1004

细胞核0.066

排名 5 · LXL04_019428 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937.13F-box-like9-51 aa

PF00646.39F-box9-50 aa

PF03982.19DAGAT82-286 aa

PF01553.27Acyltransferase96-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019428	`PF12937.13`	F-box-like	9	51	1.1e-08	35.4
LXL04_019428	`PF00646.39`	F-box	9	50	1.2e-06	28.9
LXL04_019428	`PF03982.19`	DAGAT	82	286	4.2e-63	213.7
LXL04_019428	`PF01553.27`	Acyltransferase	96	193	3.1e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ASU1`	拟南芥	Diacylglycerol O-acyltransferase 2	66.079%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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