LXL04_019040 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019040

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 22457673-22461177 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3295 bp · LXL04_019040|LXL04_019040|OH1004|cDNA

AGGGACTAAAACTGTAATGGTTTACAAAACACTTTTTATAAAATGAGAAAGTGACTCAAAGTGTTTGATTGTGGCTGATGTCTTGATTCTAGAAACAGCATCTAGATACATGGACAAGTTAAGGGGCCAATTCTGTAATATCAATCTTTATAATTATCTAAATGCTGAACGGCGAATTTGAGAGTCAAACTAATATATTTGCTTTCAAACCTCTGCAACTATCCTTATCATACatgccaccaccaccaccataaCCAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

3006 bp · LXL04_019040|LXL04_019040|OH1004|CDS

ATGCCAATACTACCCTTACCTTCTCTCCTCCTCCTCTTTTTCCTCCTACCCTTTCACGTAATTTCACAATCCACCACCACCCAAAATGACCAAAACATTCTTCTCAAAATCAAAAGCTTCTGGTCCAATCCGCCTTCCCTCAACCACTGGAACCAATCCTCCGACCCTTGCAGCTGGCCGGAGATTACATGTACCGGGACCAACATCACCGGCATCACCGTCGTTGATCAGGACATCAGCGGTACTGTTCCACCGTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1001 aa · LXL04_019040|LXL04_019040|OH1004|PROTEIN

MPILPLPSLLLLFFLLPFHVISQSTTTQNDQNILLKIKSFWSNPPSLNHWNQSSDPCSWPEITCTGTNITGITVVDQDISGTVPPFICDLKNLTVLDLNYNDITGNFPAALYNCTNLRYLDLSQNYFVGKIPDDISRLSPELRYLSLFGNNFSGDIPASISRLSKLSSLQLHQTLLNGSFPQEIGYLNDLEELNLSFNKFTPSRLPPSFTQLKRLRKFYMTEANLIGEIPGNFSGMPAMEILDLSFNRLNGSIPRDLFLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019040`
TK1151 ID	TkA05G013050
OH-1004 ID	LXL04_019040
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019040

位置 Chr04:22457673-22461177 (+)

描述 Similar to HSL1: Receptor-like protein kinase HSL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28440`	类受体蛋白激酶 HSL1。	暂无已核实直接文献
`At5g65710`	参与控制花器官脱落的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At4g28490`	具有双重特异性激酶活性作用于丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸底物的受体，控制花器官脱落。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019040 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0060866 leaf abscission 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28440

ath:AT4G28490

ath:AT5G65710

gmx:732661

mtr:11439632

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.884

排名 1 · LXL04_019040 · OH-1004

内质网0.077

排名 2 · LXL04_019040 · OH-1004

细胞质0.060

排名 3 · LXL04_019040 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_019040 · OH-1004

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · LXL04_019040 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_229-65 aa

PF23598.2LRR_1473-219 aa

PF13855.13LRR_889-126 aa

PF12799.14LRR_491-132 aa

PF13855.13LRR_892-152 aa

PF13855.13LRR_8140-200 aa

PF23598.2LRR_14170-264 aa

PF13855.13LRR_8285-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019040	`PF08263.18`	LRRNT_2	29	65	8.9e-08	33.0
LXL04_019040	`PF23598.2`	LRR_14	73	219	2.8e-26	92.8
LXL04_019040	`PF13855.13`	LRR_8	89	126	6.4e-37	125.8
LXL04_019040	`PF12799.14`	LRR_4	91	132	6.6e-31	106.4
LXL04_019040	`PF13855.13`	LRR_8	92	152	6.4e-37	125.8
LXL04_019040	`PF13855.13`	LRR_8	140	200	6.4e-37	125.8
LXL04_019040	`PF23598.2`	LRR_14	170	264	2.8e-26	92.8
LXL04_019040	`PF13855.13`	LRR_8	285	344	6.4e-37	125.8
LXL04_019040	`PF00069.32`	Pkinase	689	970	1.5e-46	159.6
LXL04_019040	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	690	970	5.8e-40	138.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGP2`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HSL1	39.051%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGX3`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase HSL2	38.732%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P47735`	拟南芥	Receptor-like protein kinase 5	39.017%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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