LXL04_018972 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018972

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 20798164-20804748 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2470 bp · LXL04_018972|LXL04_018972|OH1004|cDNA

GATTAACAAGTGTGAAGGTACGCGTAAGAGGCCCCATTAAATCTAAGGGCGAATCCGCACCAGCACATAGCCATCGATAAACACAACCATGGTGTCATAGAGACGATGCTATCCTACGCCCATATGTACCTTACACCGTCTTTCCATGCGCCACACAGACACACACACATCGACCGCAAACCCCCTTCGACTTACCGACCTCCTCTCTCCATGAATTTTACAAATCCATACATCTCTTTGATCGAGATTTCAGCCTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2163 bp · LXL04_018972|LXL04_018972|OH1004|CDS

TTGTTTCCCCAAAGGGTTTATAAGCTATATCATTCTTGTTGGGGTTGGAGGATATTTATTTGTGCATGGAAGAAGATGCCGGATTTGAGACGTGGAGTTCGCCAGGCCAAAAAAGCTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAACAACAATACCAATAATGACAATAATGCCCCTGTTGTAGCTCCAACACCGCGACGTGGGACCCGGCGAGGGAAAGCTCAGGCAGCACCTGCTGGTCAAGTGGCCCCCGCATACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

720 aa · LXL04_018972|LXL04_018972|OH1004|PROTEIN

MFPQRVYKLYHSCWGWRIFICAWKKMPDLRRGVRQAKKANNNNNNNNNNNNTNNDNNAPVVAPTPRRGTRRGKAQAAPAGQVAPAYPYPMPRPAGRGRGARQAEDKNPELFGGGVGVGRGAHLNLDVGVCNNNNPLVVGKSAEKLAADAEDEGSTSPLPERVQVGNSPAYKLERKLGKGGFGQVYVGRRVSGGSGNSGPDALEVALKLEHRNGKGCSYGPPYEWQVYSTLNGCYGVPMVHHKGRQGDYYILVMDKLGPSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018972`
TK1151 ID	TkA05G006760
OH-1004 ID	LXL04_018972
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.846 / OH-1004 85.139 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018972

位置 Chr04:20798164-20804748 (-)

描述 Similar to HD16: Casein kinase 1-like protein HD16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0793500`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Hd16, a gene for casein kinase I, is involved in the control of rice flowering time by modulating the day-length response.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12268

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045104 intermediate filament cytoskeleton organization 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

bta:282684

cel:CELE_C03C10.1

dosa:Os03g0793500

ocu:100009227

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.455

排名 1 · LXL04_018972 · OH-1004

细胞核0.376

排名 2 · LXL04_018972 · OH-1004

细胞膜0.123

排名 3 · LXL04_018972 · OH-1004

线粒体0.087

排名 4 · LXL04_018972 · OH-1004

内质网0.085

排名 5 · LXL04_018972 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase170-402 aa

PF17667.8Pkinase_fungal273-379 aa

PF24289.2DUF7477464-670 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018972	`PF00069.32`	Pkinase	170	402	2e-16	60.9
LXL04_018972	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	273	379	5e-07	29.5
LXL04_018972	`PF24289.2`	DUF7477	464	670	3.7e-119	397.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q852L0`	水稻	Casein kinase 1-like protein HD16	68.252%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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