LXL04_018782 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018782

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18154020-18171380 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10623 bp · LXL04_018782|LXL04_018782|OH1004|cDNA

ATGAAATGGGTATCATTGCTTAAAGACATCAAAGACAAGGTAGGTTTCTCAGCGCCTACATCAGCTGCATCTTCTTCCGCCCCCTATAGTGAGCAGAATAGTAACAATGCCACTTCTTCAAGCTACGATGACCCCTTCTCAAGAGAAAGACATGAACTGGAATTGGATTTCAAGAGATGTTGGGATGACTTCCGAACATCAACTTCAGAGATGGAGAAGGAAAAAGCCTTGAATGTCACTATTGATGTCTTTTGTAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

10623 bp · LXL04_018782|LXL04_018782|OH1004|CDS

ATGAAATGGGTATCATTGCTTAAAGACATCAAAGACAAGGTAGGTTTCTCAGCGCCTACATCAGCTGCATCTTCTTCCGCCCCCTATAGTGAGCAGAATAGTAACAATGCCACTTCTTCAAGCTACGATGACCCCTTCTCAAGAGAAAGACATGAACTGGAATTGGATTTCAAGAGATGTTGGGATGACTTCCGAACATCAACTTCAGAGATGGAGAAGGAAAAAGCCTTGAATGTCACTATTGATGTCTTTTGTAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3540 aa · LXL04_018782|LXL04_018782|OH1004|PROTEIN

MKWVSLLKDIKDKVGFSAPTSAASSSAPYSEQNSNNATSSSYDDPFSRERHELELDFKRCWDDFRTSTSEMEKEKALNVTIDVFCRLVKQHPNIAQLNTLLVETHIFSFVVGRAFVSDIERLKVSSKTRSLEIESVISFFSEDTQDEILYGSNLLLAVGFLVSGPIDKQSLLDSGIMCCLVHILDALLASDGGSVSVNVKPEVEEDSEVTENVAPDRRFEVEGSILHIMKALASHHAAAQGLIEDNSLKQLFEVVANASL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018782`
TK1151 ID	TkA08G082760
OH-1004 ID	LXL04_018782
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018782

位置 Chr04:18154020-18171380 (-)

描述 Similar to SPI: Protein SPIRRIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03060`	参与细胞形态发生。	暂无已核实直接文献
`At4g02660`	含BEACH结构域的蛋白A2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018782 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0033962 P-body assembly 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:1902892 positive regulation of root hair elongation 生物过程

GO:1903335 regulation of vacuolar transport 生物过程

GO:1904580 regulation of intracellular mRNA localization 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0000932 P-body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03060

ath:AT4G02660

hsa:23001

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.477

排名 1 · LXL04_018782 · OH-1004

细胞核0.264

排名 2 · LXL04_018782 · OH-1004

高尔基体0.198

排名 3 · LXL04_018782 · OH-1004

细胞膜0.153

排名 4 · LXL04_018782 · OH-1004

溶酶体／液泡0.115

排名 5 · LXL04_018782 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13385.14Laminin_G_31009-1178 aa

PF14844.13PH_BEACH2836-2895 aa

PF02138.24Beach2926-3205 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st3258-3411 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC33259-3422 aa

PF24814.2WD40_Prp193259-3413 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz3260-3400 aa

PF20426.5NBCH_WD403264-3423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018782	`PF13385.14`	Laminin_G_3	1009	1178	5.7e-06	27.3
LXL04_018782	`PF14844.13`	PH_BEACH	2836	2895	4.6e-10	40.3
LXL04_018782	`PF02138.24`	Beach	2926	3205	3.8e-119	397.9
LXL04_018782	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	3258	3411	1.5e-15	58.1
LXL04_018782	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	3259	3422	2.7e-12	47.0
LXL04_018782	`PF24814.2`	WD40_Prp19	3259	3413	3.2e-10	40.3
LXL04_018782	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	3260	3400	9.1e-09	35.7
LXL04_018782	`PF20426.5`	NBCH_WD40	3264	3423	1.2e-10	41.5
LXL04_018782	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	3271	3371	8.5e-10	39.3
LXL04_018782	`PF24796.2`	WDR55	3271	3461	2.3e-07	30.9
LXL04_018782	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	3282	3424	9.3e-10	38.8
LXL04_018782	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	3287	3424	1.9e-15	57.7
LXL04_018782	`PF00400.39`	WD40	3291	3318	1e-14	55.0
LXL04_018782	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	3333	3462	5.9e-18	65.9
LXL04_018782	`PF00400.39`	WD40	3334	3370	1e-14	55.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HZB2`	拟南芥	Protein SPIRRIG	61.065%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JHT3`	拟南芥	BEACH domain-containing protein A2	55.238%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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