TkA08G082760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G082760

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21280247-21298677 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

11598 bp · TkA08G082760|TK1151|cDNA

AAAGAAACAAAAACCGAGAGAGAAACGAGGCGCGGAGTTGCCGACCAAAAACATTCGGAGTTTAGAGAGAGAGTTAGGGCACCAAAAGTAAAAGGAAAATCTTCAAAAACACGAGTAAATTAAGGCAATGTGATTCACTGTTTTGGGGAAAATTAGCAGACAGATCAGCAAAAAAGAATTTGAACATTATCATCTTAGATCTTGATTCCTCTATTTATCTTTTTACCTAATTGATTCCGATCGATCAGCTCACTTCGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

10608 bp · TkA08G082760|TK1151|CDS

ATGAAATGGGTATCATTGCTTAAAGACATCAAAGACAAGGTAGGTTTCTCAGCGCCTACATCAGCTGCATCTTCTTCCGCCCCCTATAGTGAGCAGAATAGTAACAATGCCACTTCTTCAAGCTACGATGACCCCTTCTCAAGAGAAAGACATGAACTGGAATTGGATTTCAAAAGATGTTGGGATGAGTTCCGAACATCAACTTCAGAGATGGAGAAGGAAAAAGCCTTGAATGTCACTATTGATGTCTTTTGTAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3535 aa · TkA08G082760|TK1151|PROTEIN

MKWVSLLKDIKDKVGFSAPTSAASSSAPYSEQNSNNATSSSYDDPFSRERHELELDFKRCWDEFRTSTSEMEKEKALNVTIDVFCRLVKQHPNIAQLNTLLVETHIFSFVVGRAFVSDIERLKVSSKTRSLEIESVISFFSEDTQDEILYGSNLLLAVGFLVSGPIDKQSLLDSGIMCCLVHILDALLASDGGSVSVNVRHEVEEDSEVTENVAPDRRFEVEGSILHIMKALASHHAAAQGLIEDNSLKQLFEVVANASL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G082760`
TK1151 ID	TkA08G082760
OH-1004 ID	LXL04_018782
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G082760

位置 Chr08:21280247-21298677 (-)

描述 Similar to SPI: Protein SPIRRIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03060`	参与细胞形态发生。	暂无已核实直接文献
`At4g02660`	含BEACH结构域的蛋白A2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018782 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0033962 P-body assembly 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:1902892 positive regulation of root hair elongation 生物过程

GO:1903335 regulation of vacuolar transport 生物过程

GO:1904580 regulation of intracellular mRNA localization 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0000932 P-body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03060

ath:AT4G02660

hsa:23001

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478

排名 1 · TkA08G082760 · TK1151

细胞核0.264

排名 2 · TkA08G082760 · TK1151

高尔基体0.197

排名 3 · TkA08G082760 · TK1151

细胞膜0.152

排名 4 · TkA08G082760 · TK1151

溶酶体／液泡0.116

排名 5 · TkA08G082760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23295Arm_479-130 aa

PF23295Arm_4700-808 aa

PF23295Arm_4869-925 aa

PF15787DUF4704943-996 aa

PF13385Laminin_G_31008-1177 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st1235-1254 aa

PF15787DUF47041344-1384 aa

PF23295Arm_41471-1551 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G082760	`PF23295`	Arm_4	79	130	1.2e-06	28.8
TkA08G082760	`PF23295`	Arm_4	700	808	1.2e-06	28.8
TkA08G082760	`PF23295`	Arm_4	869	925	1.2e-06	28.8
TkA08G082760	`PF15787`	DUF4704	943	996	0.0015	18.1
TkA08G082760	`PF13385`	Laminin_G_3	1008	1177	5.8e-06	27.2
TkA08G082760	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	1235	1254	9.3e-16	58.8
TkA08G082760	`PF15787`	DUF4704	1344	1384	0.0015	18.1
TkA08G082760	`PF23295`	Arm_4	1471	1551	1.2e-06	28.8
TkA08G082760	`PF15787`	DUF4704	1473	1534	0.0015	18.1
TkA08G082760	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	1592	1650	0.0021	18.1
TkA08G082760	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	1601	1633	0.1	13.3
TkA08G082760	`PF14844`	PH_BEACH	2831	2890	4.5e-10	40.3
TkA08G082760	`PF02138`	Beach	2921	3200	3.8e-119	397.9
TkA08G082760	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	3252	3406	9.3e-16	58.8
TkA08G082760	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	3252	3364	0.00094	19.4
TkA08G082760	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	3254	3417	1.5e-12	47.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HZB2`	拟南芥	sp\|F4HZB2\|BCHA1_ARATH Protein SPIRRIG	61.200%	Swiss-Prot	高置信
`F4JHT3`	拟南芥	sp\|F4JHT3\|BCHA2_ARATH BEACH domain-containing protein A2	56.200%	Swiss-Prot	高置信

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