LXL04_018157 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018157

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 7847136-7853619 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3171 bp · LXL04_018157|LXL04_018157|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTGAGAAACTCACAGAGTACGAGCGCAAACGCCTGGAGAACATCAAGCGCAACCGTGAACAGCTTGAAGCTCTCAACATCCACTCCAAGCTTGCCGATCTGTCTGCCTCCGCCGAACGCCACAGGGAAGAGACTACATATTACAGAATTAATCCATATATGAAAGCAAAATCCGAAACCCCAGTTGTAAGCCGCAAATCtctaagaacccgaggaataaAGCCAGAGTTTAGACAAATACCTTACACAAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3171 bp · LXL04_018157|LXL04_018157|OH1004|CDS

ATGGCGTCTGAGAAACTCACAGAGTACGAGCGCAAACGCCTGGAGAACATCAAGCGCAACCGTGAACAGCTTGAAGCTCTCAACATCCACTCCAAGCTTGCCGATCTGTCTGCCTCCGCCGAACGCCACAGGGAAGAGACTACATATTACAGAATTAATCCATATATGAAAGCAAAATCCGAAACCCCAGTTGTAAGCCGCAAATCTCTAAGAACCCGAGGAATAAAGCCAGAGTTTAGACAAATACCTTACACAAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1056 aa · LXL04_018157|LXL04_018157|OH1004|PROTEIN

MASEKLTEYERKRLENIKRNREQLEALNIHSKLADLSASAERHREETTYYRINPYMKAKSETPVVSRKSLRTRGIKPEFRQIPYTKTKNVMPDKSPRELTFLSMRDVSISSKPDEPLVKKILSVDRRKGATKSVECRVRASIDIESMELMPENIARVVRDRILSVKFFPSADMRMVVVGNRLGDLGFWNVDSKNEDGDGDGIYMYRPHSGAITSICIQPFAINKITTCCQHGFIRTLDIEKETFDLTYHSEDPIFCMSQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018157`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_018157`
位置	Chr04:7847136-7853619 (+)
描述	Similar to wdr76: WD repeat-containing protein 76
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018157` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:2000001 regulation of DNA damage checkpoint 生物过程 GO:0000792 heterochromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0090734 site of DNA damage 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0019899 enzyme binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:79968 mmu:241627 xla:735144 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.533

排名 1 · LXL04_018157 · OH-1004

细胞质0.468

排名 2 · LXL04_018157 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 3 · LXL04_018157 · OH-1004

线粒体0.039

排名 4 · LXL04_018157 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_018157 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24796.2WDR55158-326 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz159-363 aa

PF24814.2WD40_Prp19160-408 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st162-370 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd171-353 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd175-368 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st184-367 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5201-446 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018157	`PF24796.2`	WDR55	158	326	3.2e-22	79.7
LXL04_018157	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	159	363	1.6e-28	100.5
LXL04_018157	`PF24814.2`	WD40_Prp19	160	408	3.7e-29	102.4
LXL04_018157	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	162	370	1.2e-27	97.7
LXL04_018157	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	171	353	3e-15	57.1
LXL04_018157	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	175	368	1.4e-16	61.4
LXL04_018157	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	184	367	1.9e-20	74.0
LXL04_018157	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	201	446	1.3e-30	107.4
LXL04_018157	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	209	366	1.1e-23	84.7
LXL04_018157	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	216	363	1e-09	38.6
LXL04_018157	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	223	428	2.3e-17	63.9
LXL04_018157	`PF24805.2`	EIF3I	262	353	4.9e-12	46.3
LXL04_018157	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	287	428	5.7e-31	108.2
LXL04_018157	`PF00400.39`	WD40	292	323	7.8e-19	68.0
LXL04_018157	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	307	420	7.3e-20	72.2
LXL04_018157	`PF24814.2`	WD40_Prp19	754	957	3.7e-29	102.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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