LXL04_018039 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018039

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 5447527-5458372 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1850 bp · LXL04_018039|LXL04_018039|OH1004|cDNA

GCAACTGCTAATCGCACATACATCCTCACCTTCCTTCAATCCCCAAACACTTCCCCTATAAATACAACACAATTCAACCCTTTCTCTCCATCTTACCAACAAAACATTCTTCAATGGCCTTCTCTTCATCCTCAAAGCTTTCGGTTTTCTTCTTATTTCTGGGGATCGCTTCAATAGTCTCCGCCGATTTCAACAATGAGTTTGATATCACTTGGGGCGATGGCCGCGGTAAAATACTCAACGGAGACATGTTAACGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · LXL04_018039|LXL04_018039|OH1004|CDS

ATGGCCTTCTCTTCATCCTCAAAGCTTTCGGTTTTCTTCTTATTTCTGGGGATCGCTTCAATAGTCTCCGCCGATTTCAACAATGAGTTTGATATCACTTGGGGCGATGGCCGCGGTAAAATACTCAACGGAGACATGTTAACGCTCTCCCTCGATAAATCATCTGGTTCTGGATTTGAATCAAGAAACGAGTACCTATTTGGCAAGATTGATATGCAGCTGAAGCTCGTACCCGGGAACTCCGCCGGCACTGTAACTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · LXL04_018039|LXL04_018039|OH1004|PROTEIN

MAFSSSSKLSVFFLFLGIASIVSADFNNEFDITWGDGRGKILNGDMLTLSLDKSSGSGFESRNEYLFGKIDMQLKLVPGNSAGTVTAYYLSSKGSNWDEIDFEFLGNLSGDPYILHTNVFSQGKGNREQQFYLWFDPAADFHTYSILWNPQRIIFSVDGTPIREFKNAESIGVPFPKNQAMRIHSSLWNADDWATRGGLVKTDWSQAPFTASYRNFRADACVVSSGKSSCGGSASSGGSQAWLSEELDNTKQERLRWAQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018039`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018039

位置 Chr04:5447527-5458372 (+)

描述 Similar to XTH23: Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25810`	催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献
`At5g57560`	催化木葡聚糖内水解和/或内转糖基化。	Arabidopsis TCH4, regulated by hormones and the environment, encodes a xyloglucan endotransglycosylase.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.10.1555
`At5g57550`	催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018039 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25810

ath:AT5G57550

ath:AT5G57560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.374

排名 1 · LXL04_018039 · OH-1004

溶酶体／液泡0.325

排名 2 · LXL04_018039 · OH-1004

内质网0.180

排名 3 · LXL04_018039 · OH-1004

细胞外0.149

排名 4 · LXL04_018039 · OH-1004

细胞核0.133

排名 5 · LXL04_018039 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00722.29Glyco_hydro_1627-205 aa

PF06955.20XET_C239-274 aa

PF00722.29Glyco_hydro_16320-498 aa

PF06955.20XET_C532-575 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018039	`PF00722.29`	Glyco_hydro_16	27	205	1.3e-134	445.5
LXL04_018039	`PF06955.20`	XET_C	239	274	2e-37	127.5
LXL04_018039	`PF00722.29`	Glyco_hydro_16	320	498	1.3e-134	445.5
LXL04_018039	`PF06955.20`	XET_C	532	575	2e-37	127.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38910`	拟南芥	Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 23	72.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q38857`	拟南芥	Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 22	70.671%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q38907`	拟南芥	Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 25	70.412%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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