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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017279
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 144929003-144936055 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3987 bp · LXL04_017279|LXL04_017279|OH1004|cDNA

atgAAAACCGTTTTTGCAAGTCGCACCACAGCTGCAGCAGGCTCTATCTTCGAACAgACATTTTATAAAGGTTGTATATCAATGGGGAGTAAGAAAAGGAGCTCTGATAGTGTAGAAGAAGTTGAGAACCAGAAGAGTACTAATACAATCTCTGATACCAAAGTTTCGACTGAGCATTTGAAAAAGAAGATAAAAAAGGTGAAGAAGAACGAAGTGGAGAGTAATAATAAtacaagctctgataccaaagTTTCAAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3987 bp · LXL04_017279|LXL04_017279|OH1004|CDS

ATGAAAACCGTTTTTGCAAGTCGCACCACAGCTGCAGCAGGCTCTATCTTCGAACAGACATTTTATAAAGGTTGTATATCAATGGGGAGTAAGAAAAGGAGCTCTGATAGTGTAGAAGAAGTTGAGAACCAGAAGAGTACTAATACAATCTCTGATACCAAAGTTTCGACTGAGCATTTGAAAAAGAAGATAAAAAAGGTGAAGAAGAACGAAGTGGAGAGTAATAATAATACAAGCTCTGATACCAAAGTTTCAAGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1328 aa · LXL04_017279|LXL04_017279|OH1004|PROTEIN

MKTVFASRTTAAAGSIFEQTFYKGCISMGSKKRSSDSVEEVENQKSTNTISDTKVSTEHLKKKIKKVKKNEVESNNNTSSDTKVSSEHLKKKIKKVKKNEVEIEKPNDNDNNSNGVKPMERRKKRKALDKEKHRSTTSDDKPEVKPIVTSSEAKEAESRTSNGLPEFHIGVFKDLGSADGSVREAAAERLVMELQAVQKAYDVLEKKEDIDGGLKLEAEKDDGLNNCAPSLRYAVRRLIRGVSSSRECARQGFALGLTML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017279
TK1151 IDTkA02G060470
OH-1004 IDLXL04_017279
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 97.967
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017279
位置Chr03:144929003-144936055 (-)
描述Similar to pol5: rDNA transcriptional regulator pol5 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017279 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0009303 rRNA transcription 生物过程
GO:0022904 respiratory electron transport chain 生物过程
GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程
GO:0042149 cellular response to glucose starvation 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程
KEGG 基因交叉引用
hsa:10514
mmu:18432
rno:60571
sce:YEL055C
spo:2539834
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.942
排名 1 · LXL04_017279 · OH-1004
细胞质0.107
排名 2 · LXL04_017279 · OH-1004
细胞膜0.030
排名 3 · LXL04_017279 · OH-1004
内质网0.019
排名 4 · LXL04_017279 · OH-1004
线粒体0.013
排名 5 · LXL04_017279 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04931.19DNA_pol_phi233-1040 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017279PF04931.19DNA_pol_phi23310402.2e-177592.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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