LXL04_017077 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017077

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 140643634-140650282 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2043 bp · LXL04_017077|LXL04_017077|OH1004|cDNA

ATGACAATTCGGGGAAACAGTATAATCGACATACAAATTAGGACTCGTCGTCATAGGGAGCAGTTTGGAAATGTCATCTTGTTCATCAAACAGATGCTTGTCAGTATCGATCTACAGTTCTACACAATCCGCGATACATCACATATCCACCATCTCCCGATACTTTTCATGGGTGGTTTACTAAGCGTAACCAGCTCTAAACCAAACGAATCCCTCCAAATCTCCCAATCCGAATCCAACAAGAGACAGAAAACATCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · LXL04_017077|LXL04_017077|OH1004|CDS

ATGACAATTCGGGGAAACAGTATAATCGACATACAAATTAGGACTCGTCGTCATAGGGAGCAGTTTGGAAATGTCATCTTGTTCATCAAACAGATGCTTGTCAGTATCGATCTACAGTTCTACACAATCCGCGATACATCACATATCCACCATCTCCCGATACTTTTCATGGGTGGTTTACTAAGCGTAACCAGCTCTAAACCAAACGAATCCCTCCAAATCTCCCAATCCGAATCCAACAAGAGACAGAAAACATCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

680 aa · LXL04_017077|LXL04_017077|OH1004|PROTEIN

MTIRGNSIIDIQIRTRRHREQFGNVILFIKQMLVSIDLQFYTIRDTSHIHHLPILFMGGLLSVTSSKPNESLQISQSESNKRQKTSPILWDDNPRLIPNLPDEISLLILARLPRICYLTVKSVSRTWKLAVTTPEIYKVRKELGTTEEWLYILTKNQNDRLFWHALDPLSKKWQKLPPIPDLPSQHPPKHKHKWGPSARLADTVRGWLGRTNGPDQIPLCGCAIGAVDGSLYMLGGFSKSTAVNSVYKYDPVSNKWTESS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017077`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017077

位置 Chr03:140643634-140650282 (+)

描述 Similar to At1g22040: F-box/kelch-repeat protein At1g22040

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22040`	F-box/kelch重复蛋白At1g22040。	暂无已核实直接文献
`At1g55270`	F-box/kelch重复蛋白At1g55270。	暂无已核实直接文献
`At1g30090`	F-box/kelch重复蛋白 At1g30090。	暂无已核实直接文献
`At2g24540`	SCF（ASK- cullin-F-box）E3泛素连接酶复合体的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g67480`	F-盒/kelch重复蛋白 At1g67480。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017077 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22040

ath:AT1G30090

ath:AT1G55270

ath:AT1G67480

ath:AT2G24540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.438

排名 1 · LXL04_017077 · OH-1004

细胞质0.365

排名 2 · LXL04_017077 · OH-1004

细胞膜0.178

排名 3 · LXL04_017077 · OH-1004

内质网0.084

排名 4 · LXL04_017077 · OH-1004

质体0.055

排名 5 · LXL04_017077 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box97-138 aa

PF12937.13F-box-like97-138 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7211-313 aa

PF01344.32Kelch_1218-262 aa

PF07646.22Kelch_2218-263 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin220-313 aa

PF25210.2Kelch_FKB95222-457 aa

PF01344.32Kelch_1266-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017077	`PF00646.39`	F-box	97	138	8.8e-08	32.5
LXL04_017077	`PF12937.13`	F-box-like	97	138	8.3e-06	26.2
LXL04_017077	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	211	313	2.4e-13	50.6
LXL04_017077	`PF01344.32`	Kelch_1	218	262	1.3e-28	98.9
LXL04_017077	`PF07646.22`	Kelch_2	218	263	6.1e-16	58.2
LXL04_017077	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	220	313	3.3e-10	40.2
LXL04_017077	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	222	457	6e-19	69.4
LXL04_017077	`PF01344.32`	Kelch_1	266	314	1.3e-28	98.9
LXL04_017077	`PF07646.22`	Kelch_2	266	314	6.1e-16	58.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LM55`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g22040	57.113%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93W93`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g55270	27.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C6Z0`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g30090	28.783%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LAW2`	拟南芥	F-box protein AFR	25.915%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAG8`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g67480	27.397%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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