LXL04_016624 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016624

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 129438689-129442366 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1452 bp · LXL04_016624|LXL04_016624|OH1004|cDNA

ATGTTTTTAGTTGCTAATCTTCGCATTTCATTCTTTTCAAGAAACCCTAGGACTGCCATATTTGCTCTTCATACAGTGCCATCGCCTTCTTCGACGAAAATCGTCGCGGAGTACGCAAAATCAGGAAAATCTGCATGCAAAAAATGCTCCGAAAAGATTGATTCGAAATCCTTGAGATTAGGGTTAAAGAGTTGGGACCCTCGAGGATATGATAGCACTAAATGGCATCACTTCGACTGTTTCTTTTCTATGGATTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · LXL04_016624|LXL04_016624|OH1004|CDS

ATGTTTTTAGTTGCTAATCTTCGCATTTCATTCTTTTCAAGAAACCCTAGGACTGCCATATTTGCTCTTCATACAGTGCCATCGCCTTCTTCGACGAAAATCGTCGCGGAGTACGCAAAATCAGGAAAATCTGCATGCAAAAAATGCTCCGAAAAGATTGATTCGAAATCCTTGAGATTAGGGTTAAAGAGTTGGGACCCTCGAGGATATGATAGCACTAAATGGCATCACTTCGACTGTTTCTTTTCTATGGATTCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · LXL04_016624|LXL04_016624|OH1004|PROTEIN

MFLVANLRISFFSRNPRTAIFALHTVPSPSSTKIVAEYAKSGKSACKKCSEKIDSKSLRLGLKSWDPRGYDSTKWHHFDCFFSMDSIPASSAETIEGFSELTGSDQDKLKEMVSEEDRLSTKREGDVDAESDKRDLKKLKTDEDEIEKEKRNERLGKIHAEYAKSGRSLCKRCTKKIEFKSLRLGLSIWDTRGFENTKWFHSECCFELHGNFLTVESIEGFSELKRSRKIDEWDQSFNKSKEDDEANFNKFINKIINVLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016624`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016624

位置 Chr03:129438689-129442366 (-)

描述 Similar to ZDP: Polynucleotide 3'-phosphatase ZDP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14890`	参与碱基切除修复途径的缺口感应 3'-磷酸酯酶，需用于主动 DNA 去甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016624 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14890

cel:CELE_F21D5.5

hsa:11284

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.672

排名 1 · LXL04_016624 · OH-1004

细胞质0.306

排名 2 · LXL04_016624 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 3 · LXL04_016624 · OH-1004

内质网0.054

排名 4 · LXL04_016624 · OH-1004

线粒体0.035

排名 5 · LXL04_016624 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00645.26zf-PARP37-112 aa

PF00645.26zf-PARP161-227 aa

PF08645.18PNK3P321-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016624	`PF00645.26`	zf-PARP	37	112	5e-30	104.8
LXL04_016624	`PF00645.26`	zf-PARP	161	227	5e-30	104.8
LXL04_016624	`PF08645.18`	PNK3P	321	481	4.2e-47	160.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JE8`	拟南芥	Polynucleotide 3'-phosphatase ZDP	47.159%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情