LXL04_016476 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016476

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 124404069-124409336 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1665 bp · LXL04_016476|LXL04_016476|OH1004|cDNA

ATGTCAATGAACTCACCCACCATTTTgctcttcttctttctcttttCTGCTTCTGCTCCACTTTTCGAAGCCTTCAACAATGGCGACGGAGGATCCAAATtggaagaaaaagaagaagccCATATCAAAAGATCCGATTTCCCACCTGGGTTTCTTTTCGGAGCAGCCACTTCTTCTTACCAAGTTGAAGGTGCTTATCTTGCTGATGGTAAATCGTTAAGCAATTGGGATGTATTTTGTCATTCCGCTGTGGAGAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1665 bp · LXL04_016476|LXL04_016476|OH1004|CDS

ATGTCAATGAACTCACCCACCATTTTGCTCTTCTTCTTTCTCTTTTCTGCTTCTGCTCCACTTTTCGAAGCCTTCAACAATGGCGACGGAGGATCCAAATTGGAAGAAAAAGAAGAAGCCCATATCAAAAGATCCGATTTCCCACCTGGGTTTCTTTTCGGAGCAGCCACTTCTTCTTACCAAGTTGAAGGTGCTTATCTTGCTGATGGTAAATCGTTAAGCAATTGGGATGTATTTTGTCATTCCGCTGTGGAGAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

554 aa · LXL04_016476|LXL04_016476|OH1004|PROTEIN

MSMNSPTILLFFFLFSASAPLFEAFNNGDGGSKLEEKEEAHIKRSDFPPGFLFGAATSSYQVEGAYLADGKSLSNWDVFCHSAVEKMEIMENGDIADDHYHLFLKDIENMHSLGVKAYKFSISWARILPRGRFGEVNPEGILFYNKIIDNLLLKGIEPFVTLFHNDFPQELEEIYGSWLNPQMQYISFLKISFNYSMYYGGREEFLHLAEICFNSFGDRVKYWITINEPNIFIEWAYEYALFPPSRCSEPFGNCLFGNSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016476`
TK1151 ID	TkA02G136030
OH-1004 ID	LXL04_016476
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 84.477 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016476

位置 Chr03:124404069-124409336 (-)

描述 Similar to BGLU18: Beta-glucosidase 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61810`	水解对硝基苯基β-D-葡萄糖苷和天然葡萄糖苷，如丁香苷、木脂素苷和对香豆醇葡萄糖苷。	Arabidopsis thaliana beta-Glucosidases BGLU45 and BGLU46 hydrolyse monolignol glucosides.2006 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2006.05.022
`At1g61820`	水解对硝基苯基β-D-葡萄糖苷、对硝基苯基β-D-半乳糖苷和天然葡萄糖苷，如柳苷、对香豆醇葡萄糖苷、苯基β-D-葡萄糖苷、木脂素苷、丁香苷和熊果苷。	Arabidopsis thaliana beta-Glucosidases BGLU45 and BGLU46 hydrolyse monolignol glucosides.2006 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2006.05.022

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0513900`	水解苷类和单木质醇糖苷。	暂无已核实直接文献
`Os04g0513400`	水解苷类和单木质醇糖苷。	暂无已核实直接文献
`Os04g0513100`	可能为非活性β-葡萄糖苷酶14。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016476 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0016137 glycoside metabolic process 生物过程

GO:0033491 coniferin metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

GO:0008422 beta-glucosidase activity 分子功能

GO:0033907 beta-D-fucosidase activity 分子功能

GO:0047782 coniferin beta-glucosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61810

ath:AT1G61820

dosa:Os04g0513100

dosa:Os04g0513400

dosa:Os04g0513900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.268

排名 1 · LXL04_016476 · OH-1004

溶酶体／液泡0.258

排名 2 · LXL04_016476 · OH-1004

质体0.200

排名 3 · LXL04_016476 · OH-1004

细胞质0.094

排名 4 · LXL04_016476 · OH-1004

过氧化物酶体0.077

排名 5 · LXL04_016476 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00232.25Glyco_hydro_145-536 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016476	`PF00232.25`	Glyco_hydro_1	45	536	2.8e-134	448.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80689`	拟南芥	Beta-glucosidase 45	48.509%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80690`	拟南芥	Beta-glucosidase 46	48.479%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XSK0`	水稻	Beta-glucosidase 18	52.024%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XSK2`	水稻	Beta-glucosidase 16	51.220%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XPY7`	水稻	Probable inactive beta-glucosidase 14	50.203%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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