LXL04_016220 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016220

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 115516911-115518039 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

447 bp · LXL04_016220|LXL04_016220|OH1004|cDNA

ATGGTGGGATTAAACGTCGTGACACCTGTCCCCATTCCATCAATGcaaaagggtattttgggaaatCCCATTAAACCTTCTCCAAGCACTGGAGGTAGAATTGTTGGAAGAGGGCAAAGgtgtggtggtggtggtggtggttggaGTCGTGGAAGTGGGAGGAATGGTGGTGGGCCGCCAAAGAAAGTGATGTCGGCTGATGAGCTTGATGCTGATTTGGAGAATTTGGCAACAGAGTCACCTGGATCCAATGGCCCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · LXL04_016220|LXL04_016220|OH1004|CDS

ATGGTGGGATTAAACGTCGTGACACCTGTCCCCATTCCATCAATGCAAAAGGGTATTTTGGGAAATCCCATTAAACCTTCTCCAAGCACTGGAGGTAGAATTGTTGGAAGAGGGCAAAGGTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGAGTCGTGGAAGTGGGAGGAATGGTGGTGGGCCGCCAAAGAAAGTGATGTCGGCTGATGAGCTTGATGCTGATTTGGAGAATTTGGCAACAGAGTCACCTGGATCCAATGGCCCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

148 aa · LXL04_016220|LXL04_016220|OH1004|PROTEIN

MVGLNVVTPVPIPSMQKGILGNPIKPSPSTGGRIVGRGQRCGGGGGGWSRGSGRNGGGPPKKVMSADELDADLENLATESPGSNGPKTEDKVTDNPKIQAMGIYQGHSDTVEDVQFCPSSAQEFCSVGDDTGLILWDARTGSSAVVKV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016220`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016220

位置 Chr03:115516911-115518039 (+)

描述 Similar to MSI5: WD-40 repeat-containing protein MSI5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29730`	核心组蛋白结合亚基，可能以由核小体 DNA 调控的方式，将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白去乙酰化酶靶向其组蛋白底物（通过相似性）。	Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630
`At2g19520`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Regulation of flowering time by FVE, a retinoblastoma-associated protein.2004 · DOI: 10.1038/ng1295 A genetic link between cold responses and flowering time through FVE in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1038/ng1298

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016220 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0046689 response to mercury ion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19520

ath:AT4G29730

ddi:DDB_G0282529

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.876

排名 1 · LXL04_016220 · OH-1004

细胞质0.248

排名 2 · LXL04_016220 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_016220 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_016220 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_016220 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC3103-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016220	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	103	143	2e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU78`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI5	62.162%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22607`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI4	65.455%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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