LXL04_016144 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016144

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 112138489-112152815 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10938 bp · LXL04_016144|LXL04_016144|OH1004|cDNA

ATGGAGATGAGACAAAAGGAAAAAGAGTGGACTTTTAAGCCTCCCAAAATCAAGTCTTTTATCAATGGTGTAACTGCTGCTCCACTTGAAAGTATCGAGGAACCCTTGAAAAACTTCTTTTGGGACTTTGACAAGGGAGACTTCCATCACTGGATTGATCTATTCAACCACTTTGATACTTTCTTTGAGAAATACATAAAACCAAGGAAAGATTTGCAAGTTGAGGATGATTTCTTGGAGTTTGACCCTCCCTTCCCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

10938 bp · LXL04_016144|LXL04_016144|OH1004|CDS

ATGGAGATGAGACAAAAGGAAAAAGAGTGGACTTTTAAGCCTCCCAAAATCAAGTCTTTTATCAATGGTGTAACTGCTGCTCCACTTGAAAGTATCGAGGAACCCTTGAAAAACTTCTTTTGGGACTTTGACAAGGGAGACTTCCATCACTGGATTGATCTATTCAACCACTTTGATACTTTCTTTGAGAAATACATAAAACCAAGGAAAGATTTGCAAGTTGAGGATGATTTCTTGGAGTTTGACCCTCCCTTCCCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3645 aa · LXL04_016144|LXL04_016144|OH1004|PROTEIN

MEMRQKEKEWTFKPPKIKSFINGVTAAPLESIEEPLKNFFWDFDKGDFHHWIDLFNHFDTFFEKYIKPRKDLQVEDDFLEFDPPFPRESVLQILRVVRIILENCTNKHFYSSYEHHLSSLLASTDADVVEACLQTLSAFLKKSIGKHIIRDASLNSKLFAFTQGWGGKDEGLGLVSCSVENISDSVAHELGSTLHFEFYAVNESSTDSTQGLQIIHLPKINTYEKSDLELLHKLVEEYKVPPSLRFSLLTRLRFARAFTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016144`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016144

位置 Chr03:112138489-112152815 (-)

描述 Similar to UPL1: E3 ubiquitin-protein ligase UPL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55860`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	UPL1 and 2, two 405 kDa ubiquitin-protein ligases from Arabidopsis thaliana related to the HECT-domain protein family.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00590.x
`At1g70320`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016144 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55860

ath:AT1G70320

ncr:NCU08501

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.734

排名 1 · LXL04_016144 · OH-1004

细胞质0.286

排名 2 · LXL04_016144 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 3 · LXL04_016144 · OH-1004

高尔基体0.050

排名 4 · LXL04_016144 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_016144 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06012.18DUF90887-142 aa

PF06012.18DUF908203-358 aa

PF06025.18DUF913419-760 aa

PF00627.38UBA1286-1323 aa

PF22562.3UBA_71287-1331 aa

PF14377.12UBM2527-2556 aa

PF14377.12UBM2580-2608 aa

PF14377.12UBM2615-2646 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016144	`PF06012.18`	DUF908	87	142	8.1e-39	134.8
LXL04_016144	`PF06012.18`	DUF908	203	358	8.1e-39	134.8
LXL04_016144	`PF06025.18`	DUF913	419	760	4.8e-88	296.5
LXL04_016144	`PF00627.38`	UBA	1286	1323	1.2e-08	35.3
LXL04_016144	`PF22562.3`	UBA_7	1287	1331	2.3e-14	53.8
LXL04_016144	`PF14377.12`	UBM	2527	2556	3.6e-30	103.1
LXL04_016144	`PF14377.12`	UBM	2580	2608	3.6e-30	103.1
LXL04_016144	`PF14377.12`	UBM	2615	2646	3.6e-30	103.1
LXL04_016144	`PF00632.31`	HECT	3334	3644	1.3e-96	324.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GY23`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase UPL1	61.329%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H0T4`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase UPL2	60.641%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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