LXL04_015268 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015268

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 67283842-67297797 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5643 bp · LXL04_015268|LXL04_015268|OH1004|cDNA

ATGGCAGATGCTACAGTGCCGGGTCGTGGGCCTCGCCTGGTGGGCTTCGTGGACTGGGGCAGCGCTTGGGCTTCTGGTGGACTAGGCTGaaccagaagaggatccaaagctgccgaaacgtcaaacaaaaactatgtcgctagcatgcgagttcgagtccttgaagaggatcgagacatagatcgcataatcattactactaccaggactgatttagtcgatacccgagccagatcgacggacgtggaaagagggatagc...

CDS

下载 CDS FASTA

5499 bp · LXL04_015268|LXL04_015268|OH1004|CDS

ATGCGAGTTCGAGTCCTTGAAGAGGATCGAGACATAGATCGCATAATCATTACTACTACCAGGACTGATTTAGTCGATACCCGAGCCAGATCGACGGACGTGGAAAGAGGGATAGCAGGTCTGCCAGGTCAGACTGATGCTACCAACACCTTGGCTCTTCTTGCTGAAGGCCGTTCCCCTCATGACTTCGCTGGAACCGGAAGTGTCATCGAACTGACATGCTGGTTTGAGAAGACGGAATCCGTCTTCCAGATCAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1832 aa · LXL04_015268|LXL04_015268|OH1004|PROTEIN

MRVRVLEEDRDIDRIIITTTRTDLVDTRARSTDVERGIAGLPGQTDATNTLALLAEGRSPHDFAGTGSVIELTCWFEKTESVFQISNCTADCQVKLAACTFMHAALSWWNTHVQTIGIVEANALTWGDLRTMMIEEYCPRSKHQEFEQELWNLAMQGSDITGYTNRFDDLSVLCPGMVTPIVKKVERCIWGLSAQIQNSATAFNPLTYESVKSVVIRMTDQAVRQGIMVPKAEPSREQHKRKPWNSNSNSNNSNNNNRQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015268`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015268

位置 Chr03:67283842-67297797 (-)

描述 Similar to POLD1: DNA polymerase delta catalytic subunit

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63960`	该聚合酶具有两种酶活性：DNA 合成（聚合酶）和一种外切酶活性，可在 3'-到 5' 方向降解单链 DNA。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0186400`	该聚合酶具有两种酶活性：DNA 合成（聚合酶）和一种外切酶活性，可在 3'-到 5' 方向降解单链 DNA。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015268 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006259 DNA metabolic process 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006278 RNA-templated DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006297 nucleotide-excision repair, DNA gap filling 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0043137 DNA replication, removal of RNA primer 生物过程

GO:0045004 DNA replication proofreading 生物过程

GO:0045005 DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63960

ddi:DDB_G0285381

dosa:Os11g0186400

gmx:548092

sce:YDL102W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.468

排名 1 · LXL04_015268 · OH-1004

细胞核0.412

排名 2 · LXL04_015268 · OH-1004

线粒体0.117

排名 3 · LXL04_015268 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 4 · LXL04_015268 · OH-1004

内质网0.040

排名 5 · LXL04_015268 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732.25PEG10_N-capsid61-137 aa

PF00078.33RVT_1413-511 aa

PF24626.2SH3_Tf2-1738-764 aa

PF03104.26DNA_pol_B_exo11050-1174 aa

PF22936.2Pol_BBD1212-1286 aa

PF13976.12gag_pre-integrs1344-1388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015268	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	61	137	1.2e-06	29.4
LXL04_015268	`PF00078.33`	RVT_1	413	511	1.4e-19	71.5
LXL04_015268	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	738	764	4.1e-08	33.9
LXL04_015268	`PF03104.26`	DNA_pol_B_exo1	1050	1174	2.7e-28	99.7
LXL04_015268	`PF22936.2`	Pol_BBD	1212	1286	1.3e-08	35.7
LXL04_015268	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	1344	1388	1.1e-08	35.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVN7`	拟南芥	DNA polymerase delta catalytic subunit	69.930%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LRE6`	水稻	DNA polymerase delta catalytic subunit	76.923%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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