LXL04_014745 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014745

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 56223928-56227073 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2715 bp · LXL04_014745|LXL04_014745|OH1004|cDNA

ATGACGTCTTCTTCAACGTCATCCGCACAGAAGAGCTATAAGTATGACGTGTTTTTGAGTTTTAGAGGCGAAGACACTCGTAAGaattttgttgatcatctttATGCAGCTCTTGAACTTCAAGGTATTCATACTTTCAAGGATGATGAGAGAATTGAGAAAGGAAAGAAGATCAACGATGAGCTTTTAAAATCCATCGAAGAGTCAAAATTTTACATAGTTGTCTTCTCTAAGAACTATGCAGCTTCCGCTTGGTGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2715 bp · LXL04_014745|LXL04_014745|OH1004|CDS

ATGACGTCTTCTTCAACGTCATCCGCACAGAAGAGCTATAAGTATGACGTGTTTTTGAGTTTTAGAGGCGAAGACACTCGTAAGAATTTTGTTGATCATCTTTATGCAGCTCTTGAACTTCAAGGTATTCATACTTTCAAGGATGATGAGAGAATTGAGAAAGGAAAGAAGATCAACGATGAGCTTTTAAAATCCATCGAAGAGTCAAAATTTTACATAGTTGTCTTCTCTAAGAACTATGCAGCTTCCGCTTGGTGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

904 aa · LXL04_014745|LXL04_014745|OH1004|PROTEIN

MTSSSTSSAQKSYKYDVFLSFRGEDTRKNFVDHLYAALELQGIHTFKDDERIEKGKKINDELLKSIEESKFYIVVFSKNYAASAWCLDEIVKIMECQKAIEQIVYPVFYDVDPCEVRKQLGPVGEAFSRHNKNVEVGKWRKAMKEASNLAGWDLRNTADGHEAKVINKIIKKISFELSFNNLEVDRKLIGMESRIKDIVSLMKMGIEDVRMIGIKGIGGGGKTTLARAVFDKICVSFEGKSFVENVREESKPSMSGLRSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014745`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014745

位置 Chr03:56223928-56227073 (+)

描述 Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44510`	TIR-NB-LRR受体样蛋白，有助于铜绿假单胞菌三型分泌效应子AvrB诱导的抗病性。	Arabidopsis TAO1 is a TIR-NB-LRR protein that contributes to disease resistance induced by the Pseudomonas syringae effector AvrB.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802157105

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.406

排名 1 · LXL04_014745 · OH-1004

细胞膜0.379

排名 2 · LXL04_014745 · OH-1004

细胞核0.270

排名 3 · LXL04_014745 · OH-1004

内质网0.078

排名 4 · LXL04_014745 · OH-1004

质体0.043

排名 5 · LXL04_014745 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR14-176 aa

PF13676.12TIR_217-114 aa

PF00931.29NB-ARC201-364 aa

PF23282.2WHD_ROQ1433-501 aa

PF23286.1LRR_13684-758 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21702-758 aa

PF23598.2LRR_14706-751 aa

PF23598.2LRR_14729-850 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014745	`PF01582.26`	TIR	14	176	2.2e-52	178.2
LXL04_014745	`PF13676.12`	TIR_2	17	114	1.7e-17	64.7
LXL04_014745	`PF00931.29`	NB-ARC	201	364	3.6e-19	69.7
LXL04_014745	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	433	501	3.2e-15	56.8
LXL04_014745	`PF23286.1`	LRR_13	684	758	5.4e-10	40.0
LXL04_014745	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	702	758	1.7e-09	38.4
LXL04_014745	`PF23598.2`	LRR_14	706	751	2.3e-32	112.8
LXL04_014745	`PF23598.2`	LRR_14	729	850	2.3e-32	112.8
LXL04_014745	`PF13855.13`	LRR_8	734	779	3e-15	56.4
LXL04_014745	`PF12799.14`	LRR_4	819	857	4.2e-14	53.0
LXL04_014745	`PF23598.2`	LRR_14	836	892	2.3e-32	112.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI14`	拟南芥	Disease resistance protein TAO1	33.553%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情