LXL04_014598 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014598

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 53453919-53454350 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

432 bp · LXL04_014598|LXL04_014598|OH1004|cDNA

ATGTCTTCTCTTAACTACAACGACTTGCATCGCCTTTTTAAGAAACTTGACCAAAACGGAGATGGCCTGGTGACCCCCAATGAGCTCCAATGGCTTCTTGACACCATGAAAATCTCTTCAAGCGTTGATGAGCTACAATGCTTAACTGGGAAAACCAGTCTTAATTTTACCGAGTTTCTGGACTTTTATACAACCACAATAGAAGGAAAGGAGACTGAGAAAGATTTAGAGGGCGATCTTTTCAAGGCTTTTGAGGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

432 bp · LXL04_014598|LXL04_014598|OH1004|CDS

ATGTCTTCTCTTAACTACAACGACTTGCATCGCCTTTTTAAGAAACTTGACCAAAACGGAGATGGCCTGGTGACCCCCAATGAGCTCCAATGGCTTCTTGACACCATGAAAATCTCTTCAAGCGTTGATGAGCTACAATGCTTAACTGGGAAAACCAGTCTTAATTTTACCGAGTTTCTGGACTTTTATACAACCACAATAGAAGGAAAGGAGACTGAGAAAGATTTAGAGGGCGATCTTTTCAAGGCTTTTGAGGTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

143 aa · LXL04_014598|LXL04_014598|OH1004|PROTEIN

MSSLNYNDLHRLFKKLDQNGDGLVTPNELQWLLDTMKISSSVDELQCLTGKTSLNFTEFLDFYTTTIEGKETEKDLEGDLFKAFEVFDRNRDGLICDEELQEALSNLGLWDDKGDMDVKSMIKAYDANSDGFLDFQEFKKMMA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014598`
TK1151 ID	TkA02G409280
OH-1004 ID	LXL04_014598
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014598

位置 Chr03:53453919-53454350 (+)

描述 Similar to CML44: Probable calcium-binding protein CML44

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21550`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At4g20780`	可能在体外结合钙的钙传感器。	Calmodulin-like proteins from Arabidopsis and tomato are involved in host defense against Pseudomonas syringae pv. tomato.2005 · DOI: 10.1007/s11103-005-8395-x The calmodulin-related calcium sensor CML42 plays a role in trichome branching.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.056770
`At4g12860`	潜在的钙离子感受器，所需于花粉管对胚珠受精的吸引。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0492800`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os03g0331700`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014598 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21550

ath:AT4G20780

dosa:Os03g0331700

dosa:Os04g0492800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.655

排名 1 · LXL04_014598 · OH-1004

细胞核0.262

排名 2 · LXL04_014598 · OH-1004

内质网0.093

排名 3 · LXL04_014598 · OH-1004

线粒体0.071

排名 4 · LXL04_014598 · OH-1004

过氧化物酶体0.071

排名 5 · LXL04_014598 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_77-64 aa

PF13405.13EF-hand_68-34 aa

PF00036.39EF-hand_19-33 aa

PF13202.13EF-hand_512-30 aa

PF23564.2EF-hand_FSTL159-142 aa

PF13499.13EF-hand_779-142 aa

PF00036.39EF-hand_180-106 aa

PF13405.13EF-hand_680-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014598	`PF13499.13`	EF-hand_7	7	64	3.8e-20	72.7
LXL04_014598	`PF13405.13`	EF-hand_6	8	34	1.6e-19	68.4
LXL04_014598	`PF00036.39`	EF-hand_1	9	33	1.3e-22	78.3
LXL04_014598	`PF13202.13`	EF-hand_5	12	30	9.7e-20	69.8
LXL04_014598	`PF23564.2`	EF-hand_FSTL1	59	142	5.6e-09	37.1
LXL04_014598	`PF13499.13`	EF-hand_7	79	142	3.8e-20	72.7
LXL04_014598	`PF00036.39`	EF-hand_1	80	106	1.3e-22	78.3
LXL04_014598	`PF13405.13`	EF-hand_6	80	108	1.6e-19	68.4
LXL04_014598	`PF13202.13`	EF-hand_5	82	102	9.7e-20	69.8
LXL04_014598	`PF00036.39`	EF-hand_1	117	143	1.3e-22	78.3
LXL04_014598	`PF13405.13`	EF-hand_6	119	142	1.6e-19	68.4
LXL04_014598	`PF13202.13`	EF-hand_5	120	142	9.7e-20	69.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPK5`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML44	42.953%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVG9`	拟南芥	Calcium-binding protein CML42	39.506%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SU00`	拟南芥	Calmodulin-like protein 2	34.752%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JC44`	水稻	Probable calcium-binding protein CML22	34.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10LX4`	水稻	Probable calcium-binding protein CML27	35.443%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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