LXL04_014220 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014220

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 43883876-43885696 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1821 bp · LXL04_014220|LXL04_014220|OH1004|cDNA

ATGGGGATCTTTGAAGAAATGGGTTTCTATGGAAATCTCGATTTCCTATCAGCTCCGCCGTGTGAAGGGGAAAAGCCGCCGGAAGTTGAGCAGGAGGCGCCAATGGAGGACGATTACAGTGACGAAGAAATGGATGTTGATGAGCTGGAAAGGAGGATGTGGAGAGATCGAATGCTTTTGAGGCGACTTAAAGATCAAAATAAAGGTAAAGAAGTGGATAACGCCAAACAGCGTCAATCTCAAGAACAAGCGAGACGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1821 bp · LXL04_014220|LXL04_014220|OH1004|CDS

ATGGGGATCTTTGAAGAAATGGGTTTCTATGGAAATCTCGATTTCCTATCAGCTCCGCCGTGTGAAGGGGAAAAGCCGCCGGAAGTTGAGCAGGAGGCGCCAATGGAGGACGATTACAGTGACGAAGAAATGGATGTTGATGAGCTGGAAAGGAGGATGTGGAGAGATCGAATGCTTTTGAGGCGACTTAAAGATCAAAATAAAGGTAAAGAAGTGGATAACGCCAAACAGCGTCAATCTCAAGAACAAGCGAGACGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

606 aa · LXL04_014220|LXL04_014220|OH1004|PROTEIN

MGIFEEMGFYGNLDFLSAPPCEGEKPPEVEQEAPMEDDYSDEEMDVDELERRMWRDRMLLRRLKDQNKGKEVDNAKQRQSQEQARRKKMSRAQDGILKYMLKMMEVCKAQGFVYGIIPENGKPVSGASDNLRAWWKEKVRFDRNGPAAIAKYQADHSVSGKNEDSCAVVSTPHTLQELQDTTLGSLLSALMQHCDPPQRRFPLEKGVAPPWWPSGDEEWWSQLGLPKEQGTPPYKKPHDLKKAWKVGVLTAVIKHMSPDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014220`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014220

位置 Chr03:43883876-43885696 (+)

描述 Similar to EIN3: Protein ETHYLENE INSENSITIVE 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20770`	转录因子作为乙烯反应途径的正调节因子，通过ENAP1依赖性方式促进组蛋白乙酰化，从而加速乙烯反应基因的表达。	Biochemical and Structural Insights into the Mechanism of DNA Recognition by Arabidopsis ETHYLENE INSENSITIVE3.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0137439 Activation of the ethylene gas response pathway in Arabidopsis by the nuclear protein ETHYLENE-INSENSITIVE3 and related proteins.1997 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)80300-1 Nuclear events in ethylene signaling: a transcriptional cascade mediated by ETHYLENE-INSENSITIVE3 and ETHYLENE-RESPONSE-FACTOR1.1998 · DOI: 10.1101/gad.12.23.3703
`At2g27050`	可能的转录因子在乙烯反应途径中充当正调节因子。	Activation of the ethylene gas response pathway in Arabidopsis by the nuclear protein ETHYLENE-INSENSITIVE3 and related proteins.1997 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)80300-1

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0324200`	转录因子，在乙烯响应途径中起正向调节作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0324300`	转录因子，在乙烯响应途径中起正向调节作用。	MAOHUZI6/ETHYLENE INSENSITIVE3-LIKE1 and ETHYLENE INSENSITIVE3-LIKE2 Regulate Ethylene Response of Roots and Coleoptiles and Negatively Affect Salt Tolerance in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00353 Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding.2018 · DOI: 10.1126/science.aat1577
`Os07g0685700`	转录因子，在乙烯响应途径中起正向调节作用。	Involvement of two rice ETHYLENE INSENSITIVE3-LIKE genes in wound signaling.2009 · DOI: 10.1007/s00438-009-0483-1 MAOHUZI6/ETHYLENE INSENSITIVE3-LIKE1 and ETHYLENE INSENSITIVE3-LIKE2 Regulate Ethylene Response of Roots and Coleoptiles and Negatively Affect Salt Tolerance in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00353

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014220 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009871 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, ethylene mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009970 cellular response to sulfate starvation 生物过程

GO:0010104 regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27050

ath:AT3G20770

dosa:Os03g0324300

dosa:Os07g0685700

osa:4344331

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · LXL04_014220 · OH-1004

细胞质0.092

排名 2 · LXL04_014220 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_014220 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_014220 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_014220 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27048.1EIN3_N81-152 aa

PF04873.20EIN3_DNA-bd170-293 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014220	`PF27048.1`	EIN3_N	81	152	1.2e-45	153.8
LXL04_014220	`PF04873.20`	EIN3_DNA-bd	170	293	1.5e-71	238.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24606`	拟南芥	Protein ETHYLENE INSENSITIVE 3	60.113%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SLH0`	拟南芥	ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 1 protein	61.597%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W3M0`	水稻	Protein ETHYLENE-INSENSITIVE 3-like 1b	56.301%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10M41`	水稻	Protein ETHYLENE-INSENSITIVE 3-like 1a	56.301%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W3L9`	水稻	Protein ETHYLENE-INSENSITIVE 3-like 2	52.577%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情