LXL04_013503 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013503

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 30575526-30579388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3570 bp · LXL04_013503|LXL04_013503|OH1004|cDNA

ATGGTTTCAAAAGTCGAAACAGTTATGGCGTCTTCCTCTTCAGCCTCTTTGAGCCTCAAGAAGTACGATGTTTTCTTGAGCTTCAGGGGTGAAGACACCCGGAAGAATTTCGTTGATCATATCTACTCGGCCCTACACCAAAAAGGGATTGTAACTTTTCAGGATGGCGAGAAACTCGAGAGAGGAAAATCAATCAGCCCTGAACTCTTGAAAGCCATCCGAGAATCATCCATAGCTGTCATCATATTCTCGAGAAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3570 bp · LXL04_013503|LXL04_013503|OH1004|CDS

ATGGTTTCAAAAGTCGAAACAGTTATGGCGTCTTCCTCTTCAGCCTCTTTGAGCCTCAAGAAGTACGATGTTTTCTTGAGCTTCAGGGGTGAAGACACCCGGAAGAATTTCGTTGATCATATCTACTCGGCCCTACACCAAAAAGGGATTGTAACTTTTCAGGATGGCGAGAAACTCGAGAGAGGAAAATCAATCAGCCCTGAACTCTTGAAAGCCATCCGAGAATCATCCATAGCTGTCATCATATTCTCGAGAAACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1189 aa · LXL04_013503|LXL04_013503|OH1004|PROTEIN

MVSKVETVMASSSSASLSLKKYDVFLSFRGEDTRKNFVDHIYSALHQKGIVTFQDGEKLERGKSISPELLKAIRESSIAVIIFSRNYASSSWCLDELVEIIKQHKETNQIVYPVFHGVDPSEVRKQEGLFGEGFARHEGGKREVWRDALVEAANLSGWDTKAIANGHEAECVKSIIKDIQSTLYHKYSILEEKLIGIIPRVEKVKSLLKLELGEVRMIGIWGMGGAGKTTIARYLFNELANHFDATRFIGNVRETTEKSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013503`
TK1151 ID	TkA02G493200
OH-1004 ID	LXL04_013503
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.164 / OH-1004 41.379 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013503

位置 Chr03:30575526-30579388 (+)

描述 Similar to ROQ1: Disease resistance protein Roq1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12010`	参与植物防御的 TIR-NB-LRR 受体样蛋白。	Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013503 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.387

排名 1 · LXL04_013503 · OH-1004

细胞膜0.372

排名 2 · LXL04_013503 · OH-1004

细胞核0.312

排名 3 · LXL04_013503 · OH-1004

内质网0.071

排名 4 · LXL04_013503 · OH-1004

质体0.042

排名 5 · LXL04_013503 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR21-189 aa

PF13676.12TIR_224-117 aa

PF00931.29NB-ARC201-366 aa

PF23282.2WHD_ROQ1436-501 aa

PF23598.2LRR_14581-747 aa

PF12799.14LRR_4648-688 aa

PF23247.2LRR_RPS2670-782 aa

PF23286.1LRR_13695-780 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013503	`PF01582.26`	TIR	21	189	3.3e-50	171.1
LXL04_013503	`PF13676.12`	TIR_2	24	117	1.9e-15	58.1
LXL04_013503	`PF00931.29`	NB-ARC	201	366	3.2e-21	76.4
LXL04_013503	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	436	501	1e-18	67.9
LXL04_013503	`PF23598.2`	LRR_14	581	747	3.9e-23	82.5
LXL04_013503	`PF12799.14`	LRR_4	648	688	1.8e-14	54.2
LXL04_013503	`PF23247.2`	LRR_RPS2	670	782	4.9e-07	30.5
LXL04_013503	`PF23286.1`	LRR_13	695	780	6e-16	59.5
LXL04_013503	`PF23598.2`	LRR_14	753	833	3.9e-23	82.5
LXL04_013503	`PF23598.2`	LRR_14	865	938	3.9e-23	82.5
LXL04_013503	`PF12799.14`	LRR_4	898	940	1.8e-14	54.2
LXL04_013503	`PF20160.5`	C-JID	997	1117	2.6e-08	34.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ66`	拟南芥	Disease resistance-like protein DSC1	34.191%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情