LXL04_012398 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012398

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11566655-11571136 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2169 bp · LXL04_012398|LXL04_012398|OH1004|cDNA

ATGGCGGCGATCGATCCAACTCGTGGTTTCCTTAAAGATGTTAAGCGTATCGTAATCAAGGTTGGGACAGCTGTCGTCACCCGAGAGGACGGAAGGCTTGCGCTCGGAAGACTCGGAGCTCTCTGTGAGCAGattcaaatactaaattctCAAGGATTTGAGGTGATCTTGGTCTCATCAGGTGCTGTTGGTGCAGGTAGACAACGTCTCAGATACAGGAAATTAGTCCACAGCAGCTTTGCGGACCTTCAAAAGCCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2169 bp · LXL04_012398|LXL04_012398|OH1004|CDS

ATGGCGGCGATCGATCCAACTCGTGGTTTCCTTAAAGATGTTAAGCGTATCGTAATCAAGGTTGGGACAGCTGTCGTCACCCGAGAGGACGGAAGGCTTGCGCTCGGAAGACTCGGAGCTCTCTGTGAGCAGATTCAAATACTAAATTCTCAAGGATTTGAGGTGATCTTGGTCTCATCAGGTGCTGTTGGTGCAGGTAGACAACGTCTCAGATACAGGAAATTAGTCCACAGCAGCTTTGCGGACCTTCAAAAGCCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

722 aa · LXL04_012398|LXL04_012398|OH1004|PROTEIN

MAAIDPTRGFLKDVKRIVIKVGTAVVTREDGRLALGRLGALCEQIQILNSQGFEVILVSSGAVGAGRQRLRYRKLVHSSFADLQKPQVELDGKACAAVGQNGLMALYDTLFSQLDVTSAQLLVTDNDFRSPEFRKQLTETVDSLLSYKVIPVFNENDAVSTRRAPYEDSSGIFWDNDSLAALLALELKADLLVLLSDVDGLYSGPPSDPQSKLIYTYIKEKLENTITFGDKSRLGRGGMTAKVKAAVYASQAGIPVIITS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012398`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012398

位置 Chr03:11566655-11571136 (-)

描述 Similar to Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55610`	P5CS 在脯氨酸生物合成中起关键作用，从而在植物中实现渗透调节。	暂无已核实直接文献
`At2g39800`	P5CS 在脯氨酸生物合成中起关键作用，从而在植物中实现渗透调节。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0455500`	P5CS 在脯氨酸生物合成中起关键作用，从而在植物中实现渗透调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009269 response to desiccation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0055129 L-proline biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39800

ath:AT3G55610

dosa:Os05g0455500

osa:4338979

sly:544281

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.690

排名 1 · LXL04_012398 · OH-1004

细胞核0.308

排名 2 · LXL04_012398 · OH-1004

线粒体0.102

排名 3 · LXL04_012398 · OH-1004

过氧化物酶体0.073

排名 4 · LXL04_012398 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 5 · LXL04_012398 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00696.34AA_kinase15-260 aa

PF00171.28Aldedh294-558 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012398	`PF00696.34`	AA_kinase	15	260	3.3e-39	135.7
LXL04_012398	`PF00171.28`	Aldedh	294	558	8.1e-11	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P54888`	拟南芥	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B	75.456%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P54887`	拟南芥	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A	75.035%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O04226`	水稻	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase 1	75.175%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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