LXL04_011666 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011666

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 169076186-169085754 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4617 bp · LXL04_011666|LXL04_011666|OH1004|cDNA

ATGGCGAACCTCCCAATTCTACAATTTGAAGACAAGATATTGGAAACCGTGCATCAGAACCCGGTAGTGGTGGTAATTGGCGAGACAGGTTCAGGGAAGAGCACTCAACTCTCTCAGATTTTACACAGAAGTGGCTACACAGAGGCCGGAATTATCGCCGTCACCCAGCCCCGCCGTGTTGCCGCCGTCTCTGTTTCTAGAAGGGTTGCACAGGAGCTTGGTGTCCGGCTGGGCGATGAAGTTGGTTACGCTATAAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

4617 bp · LXL04_011666|LXL04_011666|OH1004|CDS

ATGGCGAACCTCCCAATTCTACAATTTGAAGACAAGATATTGGAAACCGTGCATCAGAACCCGGTAGTGGTGGTAATTGGCGAGACAGGTTCAGGGAAGAGCACTCAACTCTCTCAGATTTTACACAGAAGTGGCTACACAGAGGCCGGAATTATCGCCGTCACCCAGCCCCGCCGTGTTGCCGCCGTCTCTGTTTCTAGAAGGGTTGCACAGGAGCTTGGTGTCCGGCTGGGCGATGAAGTTGGTTACGCTATAAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1538 aa · LXL04_011666|LXL04_011666|OH1004|PROTEIN

MANLPILQFEDKILETVHQNPVVVVIGETGSGKSTQLSQILHRSGYTEAGIIAVTQPRRVAAVSVSRRVAQELGVRLGDEVGYAIRFEDRTSERTCIKYLTDGVLLRESLSDPELKQYSVVILDEAHERSLNTDILMGLMKRLIKLRSSNLKVLITSATLDGEKVSRFFSECPVLNVPGKLFPVEILYSVEQPKSYIDSSLKKAIDIHVNEPEGDILIFMTGQDDIEKLVSKLEERIQSLEVGSCMDAIVLPLHGSLPPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011666`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011666

位置 Chr02:169076186-169085754 (-)

描述 Similar to URE: Urease

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67550`	尿素水解酶，参与尿素、嘌呤和精氨酸分解中的氮循环。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0234800`	尿素水解酶，参与尿素、嘌呤和精氨酸分解中的氮循环。	暂无已核实直接文献
`UniProt: E0ZS48`	尿素水解酶，参与尿素、嘌呤和精氨酸分解中的氮循环。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011666 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0043419 urea catabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0035550 urease complex 细胞组分

GO:0009039 urease activity 分子功能

GO:0016151 nickel cation binding 分子功能

GO:0090729 toxin activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67550

gmx:547672

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.470

排名 1 · LXL04_011666 · OH-1004

细胞核0.282

排名 2 · LXL04_011666 · OH-1004

线粒体0.138

排名 3 · LXL04_011666 · OH-1004

过氧化物酶体0.077

排名 4 · LXL04_011666 · OH-1004

质体0.077

排名 5 · LXL04_011666 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD12-166 aa

PF13401.13AAA_2219-139 aa

PF00271.38Helicase_C205-335 aa

PF04408.30WHD_HA2400-428 aa

PF21010.3HA2_C429-491 aa

PF07717.23OB_NTP_bind559-640 aa

PF00547.24Urease_gamma702-801 aa

PF00699.26Urease_beta834-928 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011666	`PF00270.36`	DEAD	12	166	8.9e-08	32.8
LXL04_011666	`PF13401.13`	AAA_22	19	139	5.4e-08	33.9
LXL04_011666	`PF00271.38`	Helicase_C	205	335	5.8e-12	46.5
LXL04_011666	`PF04408.30`	WHD_HA2	400	428	7.5e-12	45.7
LXL04_011666	`PF21010.3`	HA2_C	429	491	1.3e-08	35.9
LXL04_011666	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	559	640	1.6e-21	77.0
LXL04_011666	`PF00547.24`	Urease_gamma	702	801	4.5e-42	143.2
LXL04_011666	`PF00699.26`	Urease_beta	834	928	3.5e-40	136.7
LXL04_011666	`PF18473.7`	Urease_linker	933	961	1.9e-08	34.7
LXL04_011666	`PF00449.27`	Urease_alpha	971	1090	1.6e-56	190.5
LXL04_011666	`PF01979.27`	Amidohydro_1	1096	1421	8.6e-80	269.3
LXL04_011666	`PF07969.18`	Amidohydro_3	1352	1423	9.2e-08	32.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SR52`	拟南芥	Urease	76.492%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9GCH9`	水稻	Urease	76.066%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`E0ZS48`	水稻	Urease	76.066%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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