LXL04_010971 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010971

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 155872921-155875439 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1425 bp · LXL04_010971|LXL04_010971|OH1004|cDNA

ATGGCGAGCCGCAGATCTCTGCAACTTGTATTGAACAGAATCAAGAGAAGGGAAAGCGTTCGATGTTTTGGAACTGCTACCGAAGGCATCGCCTCTCCTGCTACGTCTTCTCGTCACCTTATCGATTTAGAACAGGATTATAGCGCCCACAATTATCATCCTGTCCCTGTTGTATTTTCTCATGGAAAAGGGTCAGCAATTTGGGATCCAGAAGGCAAAAAATATCTCGACTTTCTTGCAGCCTACTCTGCAGTTAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1425 bp · LXL04_010971|LXL04_010971|OH1004|CDS

ATGGCGAGCCGCAGATCTCTGCAACTTGTATTGAACAGAATCAAGAGAAGGGAAAGCGTTCGATGTTTTGGAACTGCTACCGAAGGCATCGCCTCTCCTGCTACGTCTTCTCGTCACCTTATCGATTTAGAACAGGATTATAGCGCCCACAATTATCATCCTGTCCCTGTTGTATTTTCTCATGGAAAAGGGTCAGCAATTTGGGATCCAGAAGGCAAAAAATATCTCGACTTTCTTGCAGCCTACTCTGCAGTTAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

474 aa · LXL04_010971|LXL04_010971|OH1004|PROTEIN

MASRRSLQLVLNRIKRRESVRCFGTATEGIASPATSSRHLIDLEQDYSAHNYHPVPVVFSHGKGSAIWDPEGKKYLDFLAAYSAVNQGHCHPKIMKALIDQAQTLTLSSRAFYNDKFPIFAEYVTKMFGYDMVLPMNTGAEGVETALKLARKWGYEKKRIPKDQGIIVSCCGCFHGRTMAAISMSCDNDATRGFWPLLPGQLKVDFGDEAALKKLFEEKGEHIAGFLFEPIQGEAGVIIPPDGYLKAVRELCTKHNVLMI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010971`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010971

位置 Chr02:155872921-155875439 (-)

描述 Similar to DELTA-OAT: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46180`	介导精氨酸降解以进行氮循环。	Ornithine-delta-aminotransferase is essential for arginine catabolism but not for proline biosynthesis.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-40

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0643300`	主要通过增强活性氧（ROS）清除能力和脯氨酸（Pro）预积累，提高对干旱和氧化胁迫的耐受性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010971 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006591 ornithine metabolic process 生物过程

GO:0006593 L-ornithine catabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009413 response to flooding 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_01810

ath:AT5G46180

ddi:DDB_G0287913

dosa:Os03g0643300

spo:2540626

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.940

排名 1 · LXL04_010971 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_010971 · OH-1004

细胞核0.065

排名 3 · LXL04_010971 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 4 · LXL04_010971 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_010971 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00202.28Aminotran_347-440 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010971	`PF00202.28`	Aminotran_3	47	440	4.3e-123	411.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNK4`	拟南芥	Ornithine aminotransferase, mitochondrial	71.338%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10G56`	水稻	Ornithine aminotransferase, mitochondrial	70.413%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情