LXL04_010461 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010461

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 147072156-147074677 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1050 bp · LXL04_010461|LXL04_010461|OH1004|cDNA

ATGGAATTTCAAAAACCAATCGTCGTTGCATTCTTGCTATCAACCCTAATACTCACCGCATTTGCTGATTGTACTTGTGATCTTGAAGAAAACAACGGCAACGATAGCACAGTTCTGAAGTACAAACTGATCGCACTTGCTTGCATTCTCATAGCCGGCGGCATCGGCGTTTCTCTTCCCTTCGCAGGCAATATTTTCCAGGCGCTACGCCCTGAGAATGACAGTTTCTTCTTGGTGAAAGCCTTTGCCTCCGGCGTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · LXL04_010461|LXL04_010461|OH1004|CDS

ATGGAATTTCAAAAACCAATCGTCGTTGCATTCTTGCTATCAACCCTAATACTCACCGCATTTGCTGATTGTACTTGTGATCTTGAAGAAAACAACGGCAACGATAGCACAGTTCTGAAGTACAAACTGATCGCACTTGCTTGCATTCTCATAGCCGGCGGCATCGGCGTTTCTCTTCCCTTCGCAGGCAATATTTTCCAGGCGCTACGCCCTGAGAATGACAGTTTCTTCTTGGTGAAAGCCTTTGCCTCCGGCGTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · LXL04_010461|LXL04_010461|OH1004|PROTEIN

MEFQKPIVVAFLLSTLILTAFADCTCDLEENNGNDSTVLKYKLIALACILIAGGIGVSLPFAGNIFQALRPENDSFFLVKAFASGVILATGFIHILPDAFESLTSPCLKEHPWGDFPFTGFVAMVATILTLLIETSASAYQLKVQTEVAAKLVGVEDEEKNAGNVDVHMHANNHGHVHGFMLPPVNDSEVHRYRIVSQVLELGIIVHSVIIGLSLGASKSPETIKPLIIALSFHQFFEGLGLGGCIYQAKIKSLAITLMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010461`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010461

位置 Chr02:147072156-147074677 (+)

描述 Similar to ZIP5: Zinc transporter 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05300`	可能介导从根际吸收锌。	暂无已核实直接文献
`At3g12750`	介导根际锌的吸收。	暂无已核实直接文献
`At2g32270`	介导根际锌的吸收。	暂无已核实直接文献
`At5g62160`	锌转运蛋白参与根部锌的吸收。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0472700`	锌转运蛋白，介导根际锌的吸收，可能负责锌在植物内的转运。	OsZIP5 is a plasma membrane zinc transporter in rice.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9637-0

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010461 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006829 zinc ion transport 生物过程

GO:0071577 zinc ion transmembrane transport 生物过程

GO:1990359 stress response to zinc ion 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005385 zinc ion transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05300

ath:AT2G32270

ath:AT3G12750

ath:AT5G62160

dosa:Os05g0472700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.687

排名 1 · LXL04_010461 · OH-1004

溶酶体／液泡0.115

排名 2 · LXL04_010461 · OH-1004

内质网0.113

排名 3 · LXL04_010461 · OH-1004

细胞质0.065

排名 4 · LXL04_010461 · OH-1004

高尔基体0.040

排名 5 · LXL04_010461 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02535.29Zip40-346 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010461	`PF02535.29`	Zip	40	346	7.6e-75	252.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23039`	拟南芥	Zinc transporter 5	53.134%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81123`	拟南芥	Zinc transporter 1	53.582%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SLG3`	拟南芥	Zinc transporter 3	53.211%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIS2`	拟南芥	Probable zinc transporter 12	51.532%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L8G0`	水稻	Zinc transporter 5	49.148%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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