LXL04_009258 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009258

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 121452110-121454090 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1419 bp · LXL04_009258|LXL04_009258|OH1004|cDNA

ATGATGAAGGTCCCAGACCACCAAGTTGCAGGACACGTAGCTGGAGCTGGTAAACTCGGTCCTCTCGTAGACGATTCAGGTCGTTTCTACAAACCACTCCAAGACGGTACACGTGGAATAGAAGAAGTCTCCTTCTACGAATCCTTCACTTCCAACTCTCAAATCCCACAACAAATCCGTAAGTTCTTCCCCATCTTCTATGGCACCAAAGTCATGACCGCATCAACTGGAGACGAACACCCTCACATAATCCTCCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1419 bp · LXL04_009258|LXL04_009258|OH1004|CDS

ATGATGAAGGTCCCAGACCACCAAGTTGCAGGACACGTAGCTGGAGCTGGTAAACTCGGTCCTCTCGTAGACGATTCAGGTCGTTTCTACAAACCACTCCAAGACGGTACACGTGGAATAGAAGAAGTCTCCTTCTACGAATCCTTCACTTCCAACTCTCAAATCCCACAACAAATCCGTAAGTTCTTCCCCATCTTCTATGGCACCAAAGTCATGACCGCATCAACTGGAGACGAACACCCTCACATAATCCTCCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

472 aa · LXL04_009258|LXL04_009258|OH1004|PROTEIN

MMKVPDHQVAGHVAGAGKLGPLVDDSGRFYKPLQDGTRGIEEVSFYESFTSNSQIPQQIRKFFPIFYGTKVMTASTGDEHPHIILQDLVSSRTSPSLMDIKIGARTWAPEATEAYITKCMKKDRESTSVSLGYRISGLRAFIDDDLGFYKPERDVMRTASPDDVRMFLMKFVSSNPESESKPDCCLAKSVYGGDNGILSQLVELKTWFEGQTMYHFYACSVLFMFEKGLALKGDGQNAEVKLIDFAHVEEGKGVIDHNFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009258`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009258

位置 Chr02:121452110-121454090 (-)

描述 Similar to IPK2a: Inositol polyphosphate multikinase alpha

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07370`	广泛底物特异性的肌醇磷酸激酶。	暂无已核实直接文献
`At5g61760`	广泛底物特异性的肌醇磷酸激酶。	暂无已核实直接文献
`At5g61750`	可能在植物防御中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0523800`	广泛底物特异性的肌醇磷酸激酶。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X5H5`	广泛底物特异性的肌醇磷酸激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009258 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010264 myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0032958 inositol phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G07370

ath:AT5G61750

ath:AT5G61760

dosa:Os02g0523800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466

排名 1 · LXL04_009258 · OH-1004

细胞核0.266

排名 2 · LXL04_009258 · OH-1004

溶酶体／液泡0.124

排名 3 · LXL04_009258 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 4 · LXL04_009258 · OH-1004

内质网0.114

排名 5 · LXL04_009258 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03770.23IPK82-268 aa

PF00190.29Cupin_1323-436 aa

PF07883.18Cupin_2356-421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009258	`PF03770.23`	IPK	82	268	5.8e-42	144.5
LXL04_009258	`PF00190.29`	Cupin_1	323	436	6.2e-32	111.0
LXL04_009258	`PF07883.18`	Cupin_2	356	421	1.3e-09	38.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LY23`	拟南芥	Inositol polyphosphate multikinase alpha	54.982%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLT2`	拟南芥	Inositol polyphosphate multikinase beta	53.455%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLT3`	拟南芥	Germin-like protein subfamily 3 member 4	55.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6H545`	水稻	Inositol polyphosphate multikinase IPK2	48.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2X5H5`	水稻	Inositol polyphosphate multikinase IPK2	48.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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