LXL04_008672 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008672

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 105792347-105794262 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1377 bp · LXL04_008672|LXL04_008672|OH1004|cDNA

ATGGTTTCAGCAAGAAATCCACCGAGAAACGTGTGTGTTATTGGTGCTGGGCCATCGGGGTTGGTTGCCGCCAGGGAGTTAAGAAAAGAAGGGCAcacggtggtggtggtggaacagAATCATGATGTCGGAGGTCAATGGCTCTATGACCCCAAAGTTGAAGGCGAAGATCCTTTAGGAAAAGGCAAGGCTTTAAACGTTCATAGCAGTATCTATGAGTCACTAAGACTCACGTCCCCAAGAGAGATAATGGGGTTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1377 bp · LXL04_008672|LXL04_008672|OH1004|CDS

ATGGTTTCAGCAAGAAATCCACCGAGAAACGTGTGTGTTATTGGTGCTGGGCCATCGGGGTTGGTTGCCGCCAGGGAGTTAAGAAAAGAAGGGCACACGGTGGTGGTGGTGGAACAGAATCATGATGTCGGAGGTCAATGGCTCTATGACCCCAAAGTTGAAGGCGAAGATCCTTTAGGAAAAGGCAAGGCTTTAAACGTTCATAGCAGTATCTATGAGTCACTAAGACTCACGTCCCCAAGAGAGATAATGGGGTTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

458 aa · LXL04_008672|LXL04_008672|OH1004|PROTEIN

MVSARNPPRNVCVIGAGPSGLVAARELRKEGHTVVVVEQNHDVGGQWLYDPKVEGEDPLGKGKALNVHSSIYESLRLTSPREIMGFTDFPFLIKKGRDSRRFPGHKELLLYLKDFCEWFGLRDMIRFNTRVEHVGMLDYGEFGKELRWVVESKAKDSDKVVSEVFDAVVVATGHYSHPRLPSIKGMDAWRRKQMHSHLYRVPEPFRNQVVVVVGNSLSGQDISMELVNVAKEIHLCSKSLHVSEGLSKVLSKHDNLHLHP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008672`
TK1151 ID	TkA03G346720
OH-1004 ID	LXL04_008672
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008672

位置 Chr02:105792347-105794262 (-)

描述 Similar to At5g07800: Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07800`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At5g61290`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At1g62620`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At1g63370`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At1g12200`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008672 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0004499 N,N-dimethylaniline monooxygenase activity 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12200

ath:AT1G62620

ath:AT1G63370

ath:AT5G07800

ath:AT5G61290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.743

排名 1 · LXL04_008672 · OH-1004

细胞核0.276

排名 2 · LXL04_008672 · OH-1004

内质网0.068

排名 3 · LXL04_008672 · OH-1004

线粒体0.067

排名 4 · LXL04_008672 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 5 · LXL04_008672 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00743.26FMO-like10-238 aa

PF07992.21Pyr_redox_210-305 aa

PF03486.21HI0933_like10-44 aa

PF01494.26FAD_binding_310-41 aa

PF01266.31DAO11-45 aa

PF12831.14FAD_oxidored11-47 aa

PF00890.31FAD_binding_211-46 aa

PF13450.13NAD_binding_813-47 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008672	`PF00743.26`	FMO-like	10	238	4.7e-49	168.0
LXL04_008672	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	10	305	7.1e-17	62.5
LXL04_008672	`PF03486.21`	HI0933_like	10	44	3.7e-07	30.6
LXL04_008672	`PF01494.26`	FAD_binding_3	10	41	4e-06	27.0
LXL04_008672	`PF01266.31`	DAO	11	45	1.2e-10	42.2
LXL04_008672	`PF12831.14`	FAD_oxidored	11	47	4.1e-06	27.1
LXL04_008672	`PF00890.31`	FAD_binding_2	11	46	4.6e-06	26.8
LXL04_008672	`PF13450.13`	NAD_binding_8	13	47	2.4e-10	41.2
LXL04_008672	`PF13738.13`	Pyr_redox_3	61	312	6.5e-22	78.9
LXL04_008672	`PF00743.26`	FMO-like	269	400	4.7e-49	168.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FF12`	拟南芥	Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 9	71.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FLK4`	拟南芥	Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 8	69.866%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SXD5`	拟南芥	Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 3	48.889%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8U0`	拟南芥	Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 5	48.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FWW9`	拟南芥	Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 2	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情