LXL04_006797 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006797

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 25416974-25420896 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · LXL04_006797|LXL04_006797|OH1004|cDNA

ATGTGGGATCTAAACGGGTCACCCGATCTGAGAAAGGATCACGAAGAATCAAACGGTTGTTTGACGCCGGTGGAAGCAGACGATGACGATAATAGTAAAGGTAAAGCGGTTGGATCCGTGTCAAACTCGAGCTCCTCCGTGGTGGTTATGGAGGAAGACGACGGCTCCGACGATGATGATTCCGAGAAAGGAGGGAGTTCAAGAAAACGAAGCAGTAGGTTGTTTGGCTTCTCCATCGACGGAGACGGCGATCCACCGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · LXL04_006797|LXL04_006797|OH1004|CDS

ATGTGGGATCTAAACGGGTCACCCGATCTGAGAAAGGATCACGAAGAATCAAACGGTTGTTTGACGCCGGTGGAAGCAGACGATGACGATAATAGTAAAGGTAAAGCGGTTGGATCCGTGTCAAACTCGAGCTCCTCCGTGGTGGTTATGGAGGAAGACGACGGCTCCGACGATGATGATTCCGAGAAAGGAGGGAGTTCAAGAAAACGAAGCAGTAGGTTGTTTGGCTTCTCCATCGACGGAGACGGCGATCCACCGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · LXL04_006797|LXL04_006797|OH1004|PROTEIN

MWDLNGSPDLRKDHEESNGCLTPVEADDDDNSKGKAVGSVSNSSSSVVVMEEDDGSDDDDSEKGGSSRKRSSRLFGFSIDGDGDPPVTHQFFPVDGSEMGPTTSLAVGMPSVTSFPAAHWVGVQFCHQSPVPISGTTSATVAGGFLGKSAAPEIPQPLKKSRRGPRSRSSQYRGVTFYRRTGRWESHIWDCGKQVYLGGFDTAHAAARAYDRAAIKFRGMEADINFSLQDYDDDLKQMNNLTKEEFVHVLRRQSTGFPRG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006797`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006797

位置 Chr02:25416974-25420896 (-)

描述 Similar to AP2: Floral homeotic protein APETALA 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36920`	可能的转录激活因子，促进早期花分生组织特性的建立。	暂无已核实直接文献
`At5g67180`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0818800`	可能的转录因子（通过同源推测）。	Two AP2 family genes, supernumerary bract (SNB) and Osindeterminate spikelet 1 (OsIDS1), synergistically control inflorescence architecture and floral meristem establishment in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04804.x OsMADS1 Represses microRNA172 in Elongation of Palea/Lemma Development in Rice.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.01891
`UniProt: B8AMA9`	可能的转录因子（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`Os04g0649100`	转录因子。	Genetic control of seed shattering in rice by the APETALA2 transcription factor shattering abortion1.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.094383

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006797 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048460 flower formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36920

ath:AT5G67180

osa:4334582

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · LXL04_006797 · OH-1004

细胞质0.069

排名 2 · LXL04_006797 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_006797 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_006797 · OH-1004

质体0.014

排名 5 · LXL04_006797 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP2171-220 aa

PF00847.27AP2262-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006797	`PF00847.27`	AP2	171	220	9.9e-22	77.7
LXL04_006797	`PF00847.27`	AP2	262	312	9.9e-22	77.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P47927`	拟南芥	Floral homeotic protein APETALA 2	55.020%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FH95`	拟南芥	AP2-like ethylene-responsive transcription factor TOE3	56.704%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84TB5`	水稻	APETALA2-like protein 2	73.733%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8AMA9`	水稻	APETALA2-like protein 2	73.733%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0A0N7KJT8`	水稻	APETALA2-like protein 5	82.524%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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