LXL04_006078 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006078

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1404450-1408076 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

762 bp · LXL04_006078|LXL04_006078|OH1004|cDNA

ATGGACGAAGGAATCAAGGAGAAGTTCTTTTCAGATTTGAGTCGCTTTTATCATCAGAAACCGGAGGTCGATGCTCTGATTCACGGTTTCGAAAATGTAGGCCTGAAATCCTACCAATCCGATACTGCTTCGGACAATGTCCAGGATCCGAGACCCGATGGCGATCACAGCACCGGCAATCGTAACATGCATCACCCGATTCGAATCGGGGCTGAAGACTGCTCGTTTTTTGTTCGAACTGGGACGTGCAAGTTTGGGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

762 bp · LXL04_006078|LXL04_006078|OH1004|CDS

ATGGACGAAGGAATCAAGGAGAAGTTCTTTTCAGATTTGAGTCGCTTTTATCATCAGAAACCGGAGGTCGATGCTCTGATTCACGGTTTCGAAAATGTAGGCCTGAAATCCTACCAATCCGATACTGCTTCGGACAATGTCCAGGATCCGAGACCCGATGGCGATCACAGCACCGGCAATCGTAACATGCATCACCCGATTCGAATCGGGGCTGAAGACTGCTCGTTTTTTGTTCGAACTGGGACGTGCAAGTTTGGGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

253 aa · LXL04_006078|LXL04_006078|OH1004|PROTEIN

MDEGIKEKFFSDLSRFYHQKPEVDALIHGFENVGLKSYQSDTASDNVQDPRPDGDHSTGNRNMHHPIRIGAEDCSFFVRTGTCKFGRTCKFNHPVSNIAHVDQGKSNENGAESSSKSLSRIPCKFYQTGFCKYGDSCRFSHSIFPQHNVLGLPKRWGQRFCSFYMRTGVCGYGTSCRFHHPQPFFFFLESNQEQEQEEQEINGQDFSEKSTTSHVRTLQFGSLPYGFDVYQKKNGHSLIDGSTSESPSGGKTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006078`
TK1151 ID	TkA03G008310
OH-1004 ID	LXL04_006078
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.899 / OH-1004 98.814 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006078

位置 Chr02:1404450-1408076 (+)

描述 Similar to At3g48440: Zinc finger CCCH domain-containing protein 43

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48440`	含锌指CCCH结构域的蛋白 43。	暂无已核实直接文献
`At5g63260`	含锌指CCCH结构域的蛋白67。	暂无已核实直接文献
`At1g04990`	体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0472000`	含锌指CCCH结构域蛋白63。	暂无已核实直接文献
`Os12g0405100`	含锌指CCCH结构域的蛋白66。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006078 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48440

ath:AT5G63260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.747

排名 1 · LXL04_006078 · OH-1004

细胞质0.299

排名 2 · LXL04_006078 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 3 · LXL04_006078 · OH-1004

内质网0.026

排名 4 · LXL04_006078 · OH-1004

线粒体0.024

排名 5 · LXL04_006078 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642.31zf-CCCH72-94 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L72-93 aa

PF00642.31zf-CCCH121-142 aa

PF18044.8zf-CCCH_4122-141 aa

PF14608.13zf-CCCH_2122-141 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L123-143 aa

PF18345.8zf_CCCH_4123-141 aa

PF25261.2zf-CCCH_PARP12123-148 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006078	`PF00642.31`	zf-CCCH	72	94	3.9e-26	91.1
LXL04_006078	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	72	93	1.5e-14	54.3
LXL04_006078	`PF00642.31`	zf-CCCH	121	142	3.9e-26	91.1
LXL04_006078	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	122	141	3.2e-12	46.6
LXL04_006078	`PF14608.13`	zf-CCCH_2	122	141	8.4e-11	42.7
LXL04_006078	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	123	143	1.5e-14	54.3
LXL04_006078	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	123	141	1.6e-14	54.1
LXL04_006078	`PF25261.2`	zf-CCCH_PARP12	123	148	1.3e-06	29.2
LXL04_006078	`PF00642.31`	zf-CCCH	161	182	3.9e-26	91.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STM4`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 43	47.244%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5RJC5`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 67	45.736%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94AD9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 3	35.849%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R4J4`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 63	40.157%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QT65`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 66	40.945%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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