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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G008310
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2027594-2036523 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1479 bp · TkA03G008310|TK1151|cDNA

AAGAAAGGCCCATTGAGTTCTGTTGAACAGTTGACGGGAATAACCGGAACTATTAAAAAACGTCACAGATACTTCACGTTCCATCCTCCGGCGGCCATCTCCGTCTCCCCGGTACTCCTTTCGTTCTCGTCGTTCGTCTTCTTCTCCGCCGACCCAGTTAATCGGCTCCGGCACACATCCTGGGTTCATGAATGTTGAAAAGAGTTTAGCATGTACGCTAGACGGAGCTTAAGCACGGTTGTCGGAGACTGTCCACGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

777 bp · TkA03G008310|TK1151|CDS

ATGGACGAAGGAATCAAGGAGAAGTTCTTTTCAGATTTGAGTCGCTTTTATCATCAGAAACCGGAGGTCGATGCTCTGATTCACGGTTTCGAAAATGTAGGCCTGAAATCCTACCAATCCGATACTGCTTCGGACAATGTCCAGGATCCGAGACCCGATGGCGATCACAGCACCGGCAATCGTAACATGCATCACCCGATTCGAATCGGGGCTGAAGACTGCTCGTTTTTTGTTCGAACTGGGACGTGCAAGTTTGGGCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

258 aa · TkA03G008310|TK1151|PROTEIN

MDEGIKEKFFSDLSRFYHQKPEVDALIHGFENVGLKSYQSDTASDNVQDPRPDGDHSTGNRNMHHPIRIGAEDCSFFVRTGTCKFGRTCKFNHPVSNIAHVDQGKSNENGAESSSKSLSRIPCKFYPTGFCKNGDSCRFSHSIFPQHNVLGLPKRWGQRFCSFYMRTGVCGYGTSCRFHHPQPFFFLLESNQEQEQEEQEINGQDFSEKSTTSHVRTLQFGSLPYGFDVYQKKNGHSLIDGSTSESPSGGTLSLVIHT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G008310
TK1151 IDTkA03G008310
OH-1004 IDLXL04_006078
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.899 / OH-1004 98.814
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G008310
位置Chr03:2027594-2036523 (+)
描述Similar to At3g48440: Zinc finger CCCH domain-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g48440 含锌指CCCH结构域的蛋白 43。 暂无已核实直接文献
At5g63260 含锌指CCCH结构域的蛋白67。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0616400 含锌指CCCH结构域的蛋白8。 暂无已核实直接文献
Os11g0472000 含锌指CCCH结构域蛋白63。 暂无已核实直接文献
Os12g0405100 含锌指CCCH结构域的蛋白66。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006078 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G48440
ath:AT5G63260
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.750
排名 1 · TkA03G008310 · TK1151
细胞质0.286
排名 2 · TkA03G008310 · TK1151
细胞膜0.040
排名 3 · TkA03G008310 · TK1151
内质网0.028
排名 4 · TkA03G008310 · TK1151
线粒体0.021
排名 5 · TkA03G008310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22623zf-CCCH_956-60 aa
PF15663zf-CCCH_371-97 aa
PF00642zf-CCCH72-94 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L72-93 aa
PF14608zf-CCCH_273-94 aa
PF16131Torus73-99 aa
PF18345zf_CCCH_474-93 aa
PF18044zf-CCCH_474-94 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G008310PF22623zf-CCCH_956600.0008219.8
TkA03G008310PF15663zf-CCCH_371970.01316.4
TkA03G008310PF00642zf-CCCH72941.4e-2382.9
TkA03G008310PF25585zf-CCCH_DUS3L72932.3e-1247.3
TkA03G008310PF14608zf-CCCH_273945e-1040.2
TkA03G008310PF16131Torus73992.5e-0835.2
TkA03G008310PF18345zf_CCCH_474931.9e-1350.7
TkA03G008310PF18044zf-CCCH_474944.6e-1142.9
TkA03G008310PF25261zf-CCCH_PARP1274963e-0628.0
TkA03G008310PF22623zf-CCCH_974930.0008219.8
TkA03G008310PF29102Su_sable_N74930.003818.3
TkA03G008310PF25584zf-CCCH_RBM2274980.0813.7
TkA03G008310PF25586zf-CCCH_PAN381950.1112.9
TkA03G008310PF23261zf-CCCH_1182930.1712.1
TkA03G008310PF16131Torus1071452.5e-0835.2
TkA03G008310PF29102Su_sable_N1201420.003818.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STM4拟南芥sp|Q9STM4|C3H43_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4368.800%Swiss-Prot低置信
Q5RJC5拟南芥sp|Q5RJC5|C3H67_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 6741.100%Swiss-Prot低置信
Q5ZDJ6水稻sp|Q5ZDJ6|C3H8_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 835.400%Swiss-Prot低置信
Q2R4J4水稻sp|Q2R4J4|C3H63_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 6364.500%Swiss-Prot低置信
Q2QT65水稻sp|Q2QT65|C3H66_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 6651.200%Swiss-Prot低置信

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