LXL04_005504 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005504

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 165700794-165703258 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1218 bp · LXL04_005504|LXL04_005504|OH1004|cDNA

ATGGACGCCGCTAAGCTAGAGCAACTAAAGGTATTTATCAGCCGGTGCAAGTCCGATCCCTCCATTCTTAGCGATCCTTCACTCTCCTTCTTCCGCGACTATCTTGAAAGCCTCGGAGCTAAACTTCCGTCATCTGCTTACAAGAGTGAATCGCAATCGAAGCCTTACGTGGTGGAAGAGGACGAGGAAGTTGTTGAAGAACCTGAAGTAGAAGAGGATGAGATAATAGAATCCGACATTGAATTTGAAGGTGAAACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1218 bp · LXL04_005504|LXL04_005504|OH1004|CDS

ATGGACGCCGCTAAGCTAGAGCAACTAAAGGTATTTATCAGCCGGTGCAAGTCCGATCCCTCCATTCTTAGCGATCCTTCACTCTCCTTCTTCCGCGACTATCTTGAAAGCCTCGGAGCTAAACTTCCGTCATCTGCTTACAAGAGTGAATCGCAATCGAAGCCTTACGTGGTGGAAGAGGACGAGGAAGTTGTTGAAGAACCTGAAGTAGAAGAGGATGAGATAATAGAATCCGACATTGAATTTGAAGGTGAAACTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

405 aa · LXL04_005504|LXL04_005504|OH1004|PROTEIN

MDAAKLEQLKVFISRCKSDPSILSDPSLSFFRDYLESLGAKLPSSAYKSESQSKPYVVEEDEEVVEEPEVEEDEIIESDIEFEGETVEPDNDPPQKMGDSSVEVSEENRDASQEAKSKGMEAISDGKLEEAIEHLTEAILLNPTSAIMYATRASVYIKMKKPNAAIRDADAALQINPDSAKGYKSRGIALAMLGQWEKAAKDLHVASNIDFDEEISFILKKVEPNAHKIVEHRRKYDKLRKEKEERKTERERQRRRAEAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005504`
TK1151 ID	TkA01G041160
OH-1004 ID	LXL04_005504
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005504

位置 Chr01:165700794-165703258 (+)

描述 Similar to At4g22670: FAM10 family protein At4g22670

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22670`	FAM10 家族蛋白 At4g22670。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q8VWG7`	硫醇-二硫键氧化还原酶，具有还原胰岛素二硫键的活性、二硫还原酶活性、折叠酶伴侣活性和保持伴侣活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0401200`	可能的巯基-二硫键氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应，并在热冲击下充当分子伴侣。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005504 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0051259 protein complex oligomerization 生物过程

GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0070062 extracellular exosome 细胞组分

GO:0016667 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors 分子功能

GO:0016671 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor 分子功能

GO:0030544 Hsp70 protein binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17880

ath:AT4G22670

dosa:Os09g0401200

gga:418003

osa:4346999

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.711

排名 1 · LXL04_005504 · OH-1004

细胞核0.460

排名 2 · LXL04_005504 · OH-1004

线粒体0.060

排名 3 · LXL04_005504 · OH-1004

内质网0.042

排名 4 · LXL04_005504 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 5 · LXL04_005504 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18253.7HipN2-43 aa

PF13414.13TPR_11125-159 aa

PF00515.35TPR_1149-178 aa

PF13371.13TPR_9156-204 aa

PF17830.7STI1-HOP_DP350-399 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005504	`PF18253.7`	HipN	2	43	1.9e-17	63.4
LXL04_005504	`PF13414.13`	TPR_11	125	159	4.9e-09	36.5
LXL04_005504	`PF00515.35`	TPR_1	149	178	1.4e-13	50.8
LXL04_005504	`PF13371.13`	TPR_9	156	204	2.9e-10	40.7
LXL04_005504	`PF17830.7`	STI1-HOP_DP	350	399	3.2e-13	50.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YR3`	拟南芥	FAM10 family protein At4g22670	68.647%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VWG7`	拟南芥	TPR repeat-containing thioredoxin TDX	58.271%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ES52`	水稻	TPR repeat-containing thioredoxin TDX	71.739%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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