LXL04_005051 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005051

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 153835019-153837624 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1597 bp · LXL04_005051|LXL04_005051|OH1004|cDNA

ATGGGAAATTGCTGTGTTACCGGTGATGCCGCTCGTagaaaggagaagaagaagaggaggagggGAAATCACAAACCGAATCCTTTCTCAGTCGACTACCACAACCCATCTGCATCTCAAAACAATGAAAACGTTTTCTTCGTATTACGAGATCCCACAGGTCACGACATTTCACAGCGCTACAATCTAGGTCGAGAGCTGGGAAGAGGCGAATTCGGGGTAACATATCTGTGTACGGATTTAGGTACCGGTGAACGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · LXL04_005051|LXL04_005051|OH1004|CDS

ATGGGAAATTGCTGTGTTACCGGTGATGCCGCTCGTAGAAAGGAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGGGAAATCACAAACCGAATCCTTTCTCAGTCGACTACCACAACCCATCTGCATCTCAAAACAATGAAAACGTTTTCTTCGTATTACGAGATCCCACAGGTCACGACATTTCACAGCGCTACAATCTAGGTCGAGAGCTGGGAAGAGGCGAATTCGGGGTAACATATCTGTGTACGGATTTAGGTACCGGTGAACGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

530 aa · LXL04_005051|LXL04_005051|OH1004|PROTEIN

MGNCCVTGDAARRKEKKKRRRGNHKPNPFSVDYHNPSASQNNENVFFVLRDPTGHDISQRYNLGRELGRGEFGVTYLCTDLGTGERLACKCISKRKLRTTVDIEDVRREVEIMKHLPKHPNIVTMRDTYEDNDAVHIVMELCEGGELFDRIVARGRYTERAAASIMRKIVEIVQMCHSHGVMHRDLKPENFLFGNKKESAPLKAIDFGLSVFFKPGEVFNEIVGSPYYMAPEVLKRNYGPEVDVWSSGVILYILLCGVPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005051`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005051

位置 Chr01:153835019-153837624 (-)

描述 Similar to CPK7: Calcium-dependent protein kinase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g12480`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g19450`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g57530`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	Arabidopsis calcium-dependent protein kinase AtCPK32 interacts with ABF4, a transcriptional regulator of abscisic acid-responsive gene expression, and modulates its activity.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.069757
`At2g41860`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0568600`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005051 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0004698 calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41860

ath:AT3G57530

ath:AT5G12480

ath:AT5G19450

dosa:Os07g0568600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.543

排名 1 · LXL04_005051 · OH-1004

细胞质0.371

排名 2 · LXL04_005051 · OH-1004

细胞核0.257

排名 3 · LXL04_005051 · OH-1004

高尔基体0.050

排名 4 · LXL04_005051 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_005051 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase61-319 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr63-314 aa

PF14531.13Kinase-like154-307 aa

PF13499.13EF-hand_7367-426 aa

PF13833.13EF-hand_8379-429 aa

PF13499.13EF-hand_7437-500 aa

PF00036.39EF-hand_1439-463 aa

PF13405.13EF-hand_6439-464 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005051	`PF00069.32`	Pkinase	61	319	8.2e-80	268.7
LXL04_005051	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	63	314	1e-25	91.2
LXL04_005051	`PF14531.13`	Kinase-like	154	307	7.6e-07	29.4
LXL04_005051	`PF13499.13`	EF-hand_7	367	426	4.4e-30	104.6
LXL04_005051	`PF13833.13`	EF-hand_8	379	429	3.6e-11	43.3
LXL04_005051	`PF13499.13`	EF-hand_7	437	500	4.4e-30	104.6
LXL04_005051	`PF00036.39`	EF-hand_1	439	463	1.7e-25	87.3
LXL04_005051	`PF13405.13`	EF-hand_6	439	464	1.2e-22	78.1
LXL04_005051	`PF13202.13`	EF-hand_5	441	461	2.8e-15	55.7
LXL04_005051	`PF13833.13`	EF-hand_8	450	500	3.6e-11	43.3
LXL04_005051	`PF00036.39`	EF-hand_1	475	501	1.7e-25	87.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38873`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 7	73.734%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42438`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 8	73.396%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NLQ6`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 32	71.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93759`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 14	68.431%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84SL0`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 20	71.193%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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