LXL04_004077 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004077

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 124198579-124207624 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1494 bp · LXL04_004077|LXL04_004077|OH1004|cDNA

ATGGAAGTTGTTGTCTGTGGATTTGCTTCACCATGGGAGATGGGTATGGGTTGGACAGGTTTCAATAGAGTTAAGCATGTGGTTGATCTATGTGCTGAACCAGATAAGAGAGTTAGTTTAGATGAACATGATGAAAACAACATGAAAATTGAACTAAACACTTTCAAGGATCTGTGTACAAAAGAATTGCAAGGAAGCATGCCATATCATATGCAAACCAACCGTACGATGAAATGCCAAACTGAAATTTCATCACGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1494 bp · LXL04_004077|LXL04_004077|OH1004|CDS

ATGGAAGTTGTTGTCTGTGGATTTGCTTCACCATGGGAGATGGGTATGGGTTGGACAGGTTTCAATAGAGTTAAGCATGTGGTTGATCTATGTGCTGAACCAGATAAGAGAGTTAGTTTAGATGAACATGATGAAAACAACATGAAAATTGAACTAAACACTTTCAAGGATCTGTGTACAAAAGAATTGCAAGGAAGCATGCCATATCATATGCAAACCAACCGTACGATGAAATGCCAAACTGAAATTTCATCACGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

497 aa · LXL04_004077|LXL04_004077|OH1004|PROTEIN

MEVVVCGFASPWEMGMGWTGFNRVKHVVDLCAEPDKRVSLDEHDENNMKIELNTFKDLCTKELQGSMPYHMQTNRTMKCQTEISSRQTLPGALQAPPRTDPSKYEARGSGQFLTSNEIKSGSTKKAANTVRLVICSPISDGGAGVVVKLTEWSIAIVMYGRLTWGIHNPPRLMDTFIRNYQNSWQTSITSSCSTSTSTSNSNSGSFLRSKPIECAICKDEFIKGENIKRLPCRHFFHHECIRRWLSYKKNCSICRRTIVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004077`
TK1151 ID	TkA01G206070
OH-1004 ID	LXL04_004077
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 27.565 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004077

位置 Chr01:124198579-124207624 (-)

描述 Similar to At3g19950: E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At4g17905`	推定的RING-H2指蛋白ATL53。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004077 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程

GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程

GO:1905168 positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

xla:432033

xtr:448402

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.469

排名 1 · LXL04_004077 · OH-1004

细胞核0.363

排名 2 · LXL04_004077 · OH-1004

细胞膜0.139

排名 3 · LXL04_004077 · OH-1004

线粒体0.097

排名 4 · LXL04_004077 · OH-1004

内质网0.071

排名 5 · LXL04_004077 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2213-255 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2213-254 aa

PF17123.12zf-RING_11213-241 aa

PF13920.13zf-C3HC4_3213-258 aa

PF14634.13zf-RING_5213-256 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX214-249 aa

PF00097.32zf-C3HC4214-254 aa

PF12678.14zf-rbx1226-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004077	`PF13639.13`	zf-RING_2	213	255	6e-28	97.6
LXL04_004077	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	213	254	2.3e-17	63.2
LXL04_004077	`PF17123.12`	zf-RING_11	213	241	3.3e-17	62.6
LXL04_004077	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	213	258	4.1e-11	43.2
LXL04_004077	`PF14634.13`	zf-RING_5	213	256	2e-09	37.9
LXL04_004077	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	214	249	7.3e-13	49.0
LXL04_004077	`PF00097.32`	zf-C3HC4	214	254	1.1e-12	48.3
LXL04_004077	`PF12678.14`	zf-rbx1	226	255	2.7e-12	47.4
LXL04_004077	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	396	442	4.1e-11	43.2
LXL04_004077	`PF13639.13`	zf-RING_2	397	439	6e-28	97.6
LXL04_004077	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	397	438	2.3e-17	63.2
LXL04_004077	`PF17123.12`	zf-RING_11	397	425	3.3e-17	62.6
LXL04_004077	`PF14634.13`	zf-RING_5	397	440	2e-09	37.9
LXL04_004077	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	398	436	7.3e-13	49.0
LXL04_004077	`PF00097.32`	zf-C3HC4	398	438	1.1e-12	48.3
LXL04_004077	`PF12678.14`	zf-rbx1	398	439	2.7e-12	47.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	30.588%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C041`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL53	30.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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