TkA01G206070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G206070

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 52472640-52473053 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

414 bp · TkA01G206070|TK1151|cDNA

ATGGAAACCTTTATAAGAAACTACCAAAATTCCTGGCAAAAGTCAATCGCCGGCTCCGGCTCCACCTCCACCTCCACCTCCAACTCATTTCTCCGATCAAAACCCACAGAGTGCACAATCTGTAAGGATGAATTCATTAAGGGCGAAAACATCAAACGGCTCCCCTGCCACCACTACTTCCACCACGAATGTATCCGCCGGTGGCTTTCATATAAGAAAAACTGCCCTATCTGCCGCCGTACAATTGTAAAGCCGAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

414 bp · TkA01G206070|TK1151|CDS

ATGGAAACCTTTATAAGAAACTACCAAAATTCCTGGCAAAAGTCAATCGCCGGCTCCGGCTCCACCTCCACCTCCACCTCCAACTCATTTCTCCGATCAAAACCCACAGAGTGCACAATCTGTAAGGATGAATTCATTAAGGGCGAAAACATCAAACGGCTCCCCTGCCACCACTACTTCCACCACGAATGTATCCGCCGGTGGCTTTCATATAAGAAAAACTGCCCTATCTGCCGCCGTACAATTGTAAAGCCGAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

137 aa · TkA01G206070|TK1151|PROTEIN

METFIRNYQNSWQKSIAGSGSTSTSTSNSFLRSKPTECTICKDEFIKGENIKRLPCHHYFHHECIRRWLSYKKNCPICRRTIVKPKVAIPRSLPQQSCGKVEWVEHKQPVVALFFYQMMDLYEAFFGSGSMSTYSLI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G206070`
TK1151 ID	TkA01G206070
OH-1004 ID	LXL04_004077
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 27.565 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G206070`
位置	Chr01:52472640-52473053 (+)
描述	Similar to At3g19950: E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004077` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程 GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程 GO:1905168 positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G19950 xla:432033 xtr:448402 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.401

排名 1 · TkA01G206070 · TK1151

细胞核0.395

排名 2 · TkA01G206070 · TK1151

细胞膜0.131

排名 3 · TkA01G206070 · TK1151

内质网0.102

排名 4 · TkA01G206070 · TK1151

线粒体0.095

排名 5 · TkA01G206070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06712DUF119917-29 aa

PF13771zf-HC5HC2H21-67 aa

PF13832zf-HC5HC2H_233-67 aa

PF00130C1_133-67 aa

PF03854zf-P1133-42 aa

PF13920zf-C3HC4_336-82 aa

PF29452FAR1_N36-79 aa

PF14446Prok-RING_136-67 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G206070	`PF06712`	DUF1199	17	29	0.53	11.1
TkA01G206070	`PF13771`	zf-HC5HC2H	21	67	0.33	11.9
TkA01G206070	`PF13832`	zf-HC5HC2H_2	33	67	0.21	12.5
TkA01G206070	`PF00130`	C1_1	33	67	0.57	10.8
TkA01G206070	`PF03854`	zf-P11	33	42	1.9	8.9
TkA01G206070	`PF13920`	zf-C3HC4_3	36	82	9.5e-07	29.2
TkA01G206070	`PF29452`	FAR1_N	36	79	0.005	17.5
TkA01G206070	`PF14446`	Prok-RING_1	36	67	0.0065	17.3
TkA01G206070	`PF17120`	zf-RING_16	36	76	0.021	15.1
TkA01G206070	`PF13639`	zf-RING_2	37	79	7.1e-15	55.7
TkA01G206070	`PF13923`	zf-C3HC4_2	37	78	3.5e-10	40.2
TkA01G206070	`PF17123`	zf-RING_11	37	65	3.7e-09	36.8
TkA01G206070	`PF14634`	zf-RING_5	37	80	7.4e-06	26.6
TkA01G206070	`PF23555`	zf-RING_Vps41	37	78	0.01	16.1
TkA01G206070	`PF25998`	U-box_ZFPL1	37	71	0.018	16.1
TkA01G206070	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	37	44	0.055	13.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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