LXL04_001175 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001175

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 21439839-21442015 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · LXL04_001175|LXL04_001175|OH1004|cDNA

ATGCCGTATACACCACCCCGGCCCACTTCCGACAGGTTCAATAAAAGAGATCGTCAAGGAGGGTGTGCGGCTGCGAGTGAGGAGGAGAGGCGCAGTTTAACCGGACGAGACAACCGGAGATCTCAAAGTCATCACAACAACGTAACCATGGCTAGGGGTTTGAAGAAGCATATGAAGAGGCTCAATGCCCCAAAACATTGGATGCTTGATAAACTCGGCGGTGCTTTTGCTCCCAAACCTTCATCAGGACCACACAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_001175|LXL04_001175|OH1004|CDS

ATGCCGTATACACCACCCCGGCCCACTTCCGACAGGTTCAATAAAAGAGATCGTCAAGGAGGGTGTGCGGCTGCGAGTGAGGAGGAGAGGCGCAGTTTAACCGGACGAGACAACCGGAGATCTCAAAGTCATCACAACAACGTAACCATGGCTAGGGGTTTGAAGAAGCATATGAAGAGGCTCAATGCCCCAAAACATTGGATGCTTGATAAACTCGGCGGTGCTTTTGCTCCCAAACCTTCATCAGGACCACACAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_001175|LXL04_001175|OH1004|PROTEIN

MPYTPPRPTSDRFNKRDRQGGCAAASEEERRSLTGRDNRRSQSHHNNVTMARGLKKHMKRLNAPKHWMLDKLGGAFAPKPSSGPHKSRECLPLILILRNRLKYALTYREVQSILMQRHVLVDNKVRTDKTYPAGFMDVVSIPKTNENFRLLYDTKGRFRLHSVRDEESKFKLCKVRSVQFGQKGIPYINTYDGRTIRYPDPLIKANDTIKLDLESNKIVDFIKFDVGNVVMVTGGRNTGRVGILKNREKHKGSFETVHIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001175`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001175

位置 Chr01:21439839-21442015 (-)

描述 Similar to RPS4: 40S ribosomal protein S4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58420`	小核糖体亚基蛋白 eS4x。	暂无已核实直接文献
`At5g07090`	小核糖体亚基蛋白 eS4y。	暂无已核实直接文献
`At2g17360`	小核糖体亚基蛋白 eS4z。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001175 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17360

ath:AT5G07090

ath:AT5G58420

sot:102604933

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.788

排名 1 · LXL04_001175 · OH-1004

细胞核0.230

排名 2 · LXL04_001175 · OH-1004

质体0.097

排名 3 · LXL04_001175 · OH-1004

内质网0.067

排名 4 · LXL04_001175 · OH-1004

线粒体0.040

排名 5 · LXL04_001175 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08071.18RS4NT52-88 aa

PF01479.31S497-139 aa

PF00900.27Ribosomal_S4e144-218 aa

PF00467.36KOW226-259 aa

PF16121.1140S_S4_C261-306 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001175	`PF08071.18`	RS4NT	52	88	6.6e-18	65.1
LXL04_001175	`PF01479.31`	S4	97	139	5.7e-06	26.7
LXL04_001175	`PF00900.27`	Ribosomal_S4e	144	218	3e-33	114.1
LXL04_001175	`PF00467.36`	KOW	226	259	2.8e-06	27.6
LXL04_001175	`PF16121.11`	40S_S4_C	261	306	7.4e-25	87.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYK6`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS4x	89.695%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P49204`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS4y	89.695%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VH9`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS4z	90.038%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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