LXL04_001106 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001106

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 20387155-20388549 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1236 bp · LXL04_001106|LXL04_001106|OH1004|cDNA

ATGTTTATCAGAATCCGAAGCAGAGACGGATTAGAGCGTCTGCAGGTCGATAACCCAAACATAACGATCGCACAGCTCAGAACCCTAATCGAATCGCAACTCAGAGTTCCAGTACACAACCAAACCTTATCAACAAACCAATCATTACTCTTAGCCAAAACCCAGACGGAGATGTCAGGATTCTCCGACATGTCTAACGCTCAAACCCTAATCTCTACTCTAGGTATCGCACACGGTTCGATCATCTACCTGGCTTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1236 bp · LXL04_001106|LXL04_001106|OH1004|CDS

ATGTTTATCAGAATCCGAAGCAGAGACGGATTAGAGCGTCTGCAGGTCGATAACCCAAACATAACGATCGCACAGCTCAGAACCCTAATCGAATCGCAACTCAGAGTTCCAGTACACAACCAAACCTTATCAACAAACCAATCATTACTCTTAGCCAAAACCCAGACGGAGATGTCAGGATTCTCCGACATGTCTAACGCTCAAACCCTAATCTCTACTCTAGGTATCGCACACGGTTCGATCATCTACCTGGCTTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

411 aa · LXL04_001106|LXL04_001106|OH1004|PROTEIN

MFIRIRSRDGLERLQVDNPNITIAQLRTLIESQLRVPVHNQTLSTNQSLLLAKTQTEMSGFSDMSNAQTLISTLGIAHGSIIYLAYEGERTIAGPKIAPAGSFGRKMTMDDLIAKQMRITRQENPHCELVSFDRDAANGFQHYVNETLAFAVKRGGFMYGTVSEEGKVEVDFIYEPPQQGTEDNLILLRDPEEERLVEAIALGLGMRKVGFIFTQTIGQTKKDYTLSNREILQAVELQGESDLKEWVTVMVKLEVNDDGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001106`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001106

位置 Chr01:20387155-20388549 (-)

描述 Similar to At3g63000: NPL4-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63000`	可能是一个复合物的一部分，该复合物结合泛素化蛋白，并且对于将错误折叠的蛋白从内质网输出到胞质以便被蛋白酶体降解是必要的（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g47970`	可能是一个复合物的一部分，该复合物结合泛素化蛋白，并且对于将错误折叠的蛋白从内质网输出到胞质以便被蛋白酶体降解是必要的（相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0377700`	可能是结合泛素化蛋白的复合物的一部分，这一复合物对于将错误折叠的蛋白从内质网输出到胞质非常必要，在胞质中这些蛋白被蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001106 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程

GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0039536 negative regulation of RIG-I signaling pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:1902882 regulation of response to oxidative stress 生物过程

GO:1990116 ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47970

ath:AT3G63000

ddi:DDB_G0290227

dosa:Os01g0377700

hsa:55666

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.603

排名 1 · LXL04_001106 · OH-1004

细胞核0.584

排名 2 · LXL04_001106 · OH-1004

内质网0.062

排名 3 · LXL04_001106 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 4 · LXL04_001106 · OH-1004

溶酶体／液泡0.056

排名 5 · LXL04_001106 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11543.16UN_NPL41-84 aa

PF05021.21NPL4156-283 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001106	`PF11543.16`	UN_NPL4	1	84	6.2e-07	30.6
LXL04_001106	`PF05021.21`	NPL4	156	283	6.1e-16	59.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYC2`	拟南芥	NPL4-like protein B	69.512%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O82264`	拟南芥	NPL4-like protein A	69.417%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AS33`	水稻	NPL4-like protein	57.995%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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