LXL04_001052 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001052

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 19351927-19356667 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2121 bp · LXL04_001052|LXL04_001052|OH1004|cDNA

ATGGAGAACAAGAAACGCCATGAACAACCTACAAACTCCGTGAGAAGAAGTTTGAAGAGGAAGCTGGAGGACGAATTCATCGTGGATCGAAAGATCACCTCATCTGATGACGCGGCTCAACAAGATCTAGTATCTGAAGTTCGTGCTCAGGTCGAAATCCTCGACTCTACCTTTTCATCGATCGAAGCGGATCGTGCTCTAGTCAAACGTTCAATTCATATCCTCTCCGAGCTCGCGAAGAACGAGGATATCGTGAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2121 bp · LXL04_001052|LXL04_001052|OH1004|CDS

ATGGAGAACAAGAAACGCCATGAACAACCTACAAACTCCGTGAGAAGAAGTTTGAAGAGGAAGCTGGAGGACGAATTCATCGTGGATCGAAAGATCACCTCATCTGATGACGCGGCTCAACAAGATCTAGTATCTGAAGTTCGTGCTCAGGTCGAAATCCTCGACTCTACCTTTTCATCGATCGAAGCGGATCGTGCTCTAGTCAAACGTTCAATTCATATCCTCTCCGAGCTCGCGAAGAACGAGGATATCGTGAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

706 aa · LXL04_001052|LXL04_001052|OH1004|PROTEIN

MENKKRHEQPTNSVRRSLKRKLEDEFIVDRKITSSDDAAQQDLVSEVRAQVEILDSTFSSIEADRALVKRSIHILSELAKNEDIVNLIVESGAVPALVRHLQAPQSKEDVAGPRPYEHEVEKGSAFTLGLLAIKPEHQQLIVDAGALPHLVALLKRHRDGQTSRAVNGVIRRAADAITNLAHENSSIKTRVRVEGGIPPLVELLEFIDAKVQRAAAGALRTLAFKNDENKTQIVDCNALPTLILMLRSEDAAIHYEAVGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001052`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001052

位置 Chr01:19351927-19356667 (+)

描述 Similar to ARIA: ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19330`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	ARIA, an Arabidopsis arm repeat protein interacting with a transcriptional regulator of abscisic acid-responsive gene expression, is a novel abscisic acid signaling component.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.049189
`At5g13060`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	ABAP1 is a novel plant Armadillo BTB protein involved in DNA replication and transcription.2008 · DOI: 10.1038/emboj.2008.191

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001052 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034517 ribophagy 生物过程

GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

aor:AO090113000014

ath:AT5G13060

ath:AT5G19330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.552

排名 1 · LXL04_001052 · OH-1004

细胞核0.393

排名 2 · LXL04_001052 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 3 · LXL04_001052 · OH-1004

内质网0.054

排名 4 · LXL04_001052 · OH-1004

线粒体0.053

排名 5 · LXL04_001052 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30701.1ARMC6126-280 aa

PF24768.2ARM_ARMC5133-386 aa

PF00514.30Arm135-162 aa

PF24714.2TOR1L1_N137-312 aa

PF25598.2ARM_PUB175-408 aa

PF00514.30Arm191-223 aa

PF00514.30Arm226-265 aa

PF28415.2SIL1_FES1_HPBP1_C230-300 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001052	`PF30701.1`	ARMC6	126	280	3.5e-12	46.3
LXL04_001052	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	133	386	2.2e-23	83.8
LXL04_001052	`PF00514.30`	Arm	135	162	6.3e-48	160.1
LXL04_001052	`PF24714.2`	TOR1L1_N	137	312	9.1e-07	29.2
LXL04_001052	`PF25598.2`	ARM_PUB	175	408	7.8e-13	49.2
LXL04_001052	`PF00514.30`	Arm	191	223	6.3e-48	160.1
LXL04_001052	`PF00514.30`	Arm	226	265	6.3e-48	160.1
LXL04_001052	`PF28415.2`	SIL1_FES1_HPBP1_C	230	300	5.8e-11	43.0
LXL04_001052	`PF13513.13`	HEAT_EZ	296	348	1.1e-09	39.3
LXL04_001052	`PF00514.30`	Arm	311	349	6.3e-48	160.1
LXL04_001052	`PF00651.38`	BTB	533	634	1.6e-24	86.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9DHT4`	拟南芥	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2	75.393%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B7U179`	拟南芥	ARMADILLO BTB ARABIDOPSIS PROTEIN 1	61.354%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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