LXL04_000788 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000788

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 14403404-14405699 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

807 bp · LXL04_000788|LXL04_000788|OH1004|cDNA

ATGGCGAAGGGCGTGTGTTCGGCGGCCGTGCAAGCAGAACAACTTAAGCAAGACGGAAACCTGTATTTCAAAAAGAATAGGTTGGGAGCCGCCATCGATGCTTATACCGAGGCCATCACTTTGTGCCCTGATGTTCCGGTTTATTGGACCAATCGGGCTTTATGCCATCGCAAGCGCAATGATTGGACAAGAGTTGAAGAGGACTGTCGGAAGGCTGTTCAGCTTGATCATAAATCTGTCAAGGGTCACTACATGCTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

807 bp · LXL04_000788|LXL04_000788|OH1004|CDS

ATGGCGAAGGGCGTGTGTTCGGCGGCCGTGCAAGCAGAACAACTTAAGCAAGACGGAAACCTGTATTTCAAAAAGAATAGGTTGGGAGCCGCCATCGATGCTTATACCGAGGCCATCACTTTGTGCCCTGATGTTCCGGTTTATTGGACCAATCGGGCTTTATGCCATCGCAAGCGCAATGATTGGACAAGAGTTGAAGAGGACTGTCGGAAGGCTGTTCAGCTTGATCATAAATCTGTCAAGGGTCACTACATGCTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

268 aa · LXL04_000788|LXL04_000788|OH1004|PROTEIN

MAKGVCSAAVQAEQLKQDGNLYFKKNRLGAAIDAYTEAITLCPDVPVYWTNRALCHRKRNDWTRVEEDCRKAVQLDHKSVKGHYMLGLALIERENYSEGIKSLERALDHGRGAHPNSYMVEEIWQELAKAKYQEWERHSTKRNWDLHKLQESCEMALKEHHVDGDVDVNEQLEALKLVFEKAAEADVPTEVPDYLCCKITLDIFRDPVITPSGLTYERAVILDHLEKVGKFDPITRESLVQSQLVPNMAIKEAVGAFLEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000788`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000788

位置 Chr01:14403404-14405699 (+)

描述 Similar to CHIP: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07370`	具有 E3 泛素蛋白连接酶活性，可能针对错误折叠的底物进行蛋白酶体降解。	AtCHIP, a U-box-containing E3 ubiquitin ligase, plays a critical role in temperature stress tolerance in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.020800 AtCHIP functions as an E3 ubiquitin ligase of protein phosphatase 2A subunits and alters plant response to abscisic acid treatment.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02730.x The chloroplast protease subunit ClpP4 is a substrate of the E3 ligase AtCHIP and plays an important role in chloroplast function.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02963.x The E3 ligase AtCHIP ubiquitylates FtsH1, a component of the chloroplast FtsH protease, and affects protein degradation in chloroplasts.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03239.x Heat shock protein cognate 70-4 and an E3 ubiquitin ligase, CHIP, mediate plastid-destined precursor degradation through the ubiquitin-26S proteasome system in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071548

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000788 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000165 MAPK cascade 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0002931 response to ischemia 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07370

gga:426918

hsa:10273

mmu:56424

rno:287155

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.562

排名 1 · LXL04_000788 · OH-1004

细胞核0.446

排名 2 · LXL04_000788 · OH-1004

线粒体0.138

排名 3 · LXL04_000788 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 4 · LXL04_000788 · OH-1004

高尔基体0.046

排名 5 · LXL04_000788 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00515.35TPR_112-44 aa

PF13414.13TPR_1119-54 aa

PF12895.14ANAPC347-106 aa

PF00515.35TPR_148-78 aa

PF04564.22U-box191-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000788	`PF00515.35`	TPR_1	12	44	4.1e-19	68.2
LXL04_000788	`PF13414.13`	TPR_11	19	54	4.1e-11	43.1
LXL04_000788	`PF12895.14`	ANAPC3	47	106	3.6e-07	31.1
LXL04_000788	`PF00515.35`	TPR_1	48	78	4.1e-19	68.2
LXL04_000788	`PF04564.22`	U-box	191	263	1.1e-26	93.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRS9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase CHIP	63.669%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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