基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_000221
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 4189854-4192599
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2607 bp · LXL04_000221|LXL04_000221|OH1004|cDNA
ATGAAAATCCCCTATCAAACAACAAAAATTCAAACAATAGTCGGTCTGGCTAAAACCCTCGCTGCCTCGCCCACAGAAACTGTATTTTCCAGAAACAAGGGGATGAGTTTTGATCGATTACCGCTCGCTTCCATCGAAGATGAAGACCAAGAATTCGAGGAATCATCGTCGTCTACTCCGGCAACCCAGTCTGAAACATTTATGGTGGGTTTCATGGTCGCAAACATTGTCGGTCTGCAATACTATCGCGGCCGGATAAG...
CDS
下载 CDS FASTA2607 bp · LXL04_000221|LXL04_000221|OH1004|CDS
ATGAAAATCCCCTATCAAACAACAAAAATTCAAACAATAGTCGGTCTGGCTAAAACCCTCGCTGCCTCGCCCACAGAAACTGTATTTTCCAGAAACAAGGGGATGAGTTTTGATCGATTACCGCTCGCTTCCATCGAAGATGAAGACCAAGAATTCGAGGAATCATCGTCGTCTACTCCGGCAACCCAGTCTGAAACATTTATGGTGGGTTTCATGGTCGCAAACATTGTCGGTCTGCAATACTATCGCGGCCGGATAAG...
868 aa · LXL04_000221|LXL04_000221|OH1004|PROTEIN
MKIPYQTTKIQTIVGLAKTLAASPTETVFSRNKGMSFDRLPLASIEDEDQEFEESSSSTPATQSETFMVGFMVANIVGLQYYRGRISGREMVGLVREPLNAYDSNAIKVVNTRTIQVGHIEKKVASVLAPLLDSNFVHVEGIVPKTPKSAAAYRIPCHIHVFSKMEAFETVKSALRSFLFTPNDPMFSMSDSMVVKEKKKGDLDEIFKLVDDNLRENAVNGVMEPPQDFILPDLFQHQKEGLYWLHHRENSDELPPFWEK...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_000221 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_000221 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:4189854-4192599 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to At5g05130: Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 1 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程 GO:0071168 protein localization to chromatin 生物过程 GO:0071932 replication fork reversal 生物过程 GO:0141119 chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication 生物过程 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT5G05130 hsa:6596 mmu:20585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.812
细胞质0.198
线粒体0.035
细胞膜0.030
内质网0.021
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF08797.17HIRAN70-163 aaPF00176.30SNF2-rel_dom237-593 aaPF13920.13zf-C3HC4_3630-677 aaPF13639.13zf-RING_2632-672 aaPF00097.32zf-C3HC4633-671 aaPF13923.13zf-C3HC4_2633-671 aaPF14634.13zf-RING_5633-672 aaPF00271.38Helicase_C700-813 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_000221 | PF08797.17 | HIRAN | 70 | 163 | 1.4e-21 | 76.8 |
| LXL04_000221 | PF00176.30 | SNF2-rel_dom | 237 | 593 | 2e-71 | 241.2 |
| LXL04_000221 | PF13920.13 | zf-C3HC4_3 | 630 | 677 | 1.1e-07 | 32.2 |
| LXL04_000221 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 632 | 672 | 5.1e-08 | 33.8 |
| LXL04_000221 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 633 | 671 | 2.2e-07 | 31.3 |
| LXL04_000221 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 633 | 671 | 2.5e-07 | 31.1 |
| LXL04_000221 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 633 | 672 | 5.2e-07 | 30.3 |
| LXL04_000221 | PF00271.38 | Helicase_C | 700 | 813 | 1.9e-19 | 70.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。