TkA08G144730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G144730

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 37767251-37772885 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4283 bp · TkA08G144730|TK1151|cDNA

TAAGAAGTAAAAGTGAAGAACGATTAACCAAACAATTTCATAGTGTAGTCTAATAGCGATTTAGCGAGCCATCTTACGGTGATCGGAACACTTCATTTGGGCTGAATGCAAGCTATGGAAACAGATGTAGTCCATCCTCCGCCGAGGATCCAGCGCCTTGACGAGTCTGTCGTCAACCGAATTGCGGCCGGTGAGGTCATTCAACGCCCCGTTGCCGCCGTCAAGGAGCTCGTCGAGAACAGCCTTGATGCCGGCTCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2157 bp · TkA08G144730|TK1151|CDS

ATGCAAGCTATGGAAACAGATGTAGTCCATCCTCCGCCGAGGATCCAGCGCCTTGACGAGTCTGTCGTCAACCGAATTGCGGCCGGTGAGGTCATTCAACGCCCCGTTGCCGCCGTCAAGGAGCTCGTCGAGAACAGCCTTGATGCCGGCTCCACCTCCATACATGTTACTGTTAAGGACGGAGGCCTTAAACTCATTCAAGTTTCAGACGATGGCCATGGAATCCGGTATGATGACTTGCCGATTCTATGTGAGAGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

718 aa · TkA08G144730|TK1151|PROTEIN

MQAMETDVVHPPPRIQRLDESVVNRIAAGEVIQRPVAAVKELVENSLDAGSTSIHVTVKDGGLKLIQVSDDGHGIRYDDLPILCERHTTSKLSAFEDLQSIKSMGFRGEALASMTYVAHVTVTTITGGQLHGYRVSYRDGVMEHEPKACAAVKGTQITIENLFYNMIARRKTLQNSADDYPKIVDLLSRFAIHHKNVSFSCRKHGAGTADLHSVAMSTRLDAIRSVYGVSIARSLMKIEASDSNPSTSVFEMDGFISDSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G144730`
TK1151 ID	TkA08G144730
OH-1004 ID	LXL04_032046
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G144730

位置 Chr08:37767251-37772885 (-)

描述 Similar to MLH1: DNA mismatch repair protein MLH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g09140`	参与 DNA 错配修复，纠正由 DNA 复制、DNA 损伤或减数分裂过程中不同序列之间的重组事件引起的插入删除环。	Control of meiotic recombination in Arabidopsis: role of the MutL and MutS homologues.2006 · DOI: 10.1042/bst0340542 An Arabidopsis MLH1 mutant exhibits reproductive defects and reveals a dual role for this gene in mitotic recombination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03145.x Yeast mutator phenotype enforced by Arabidopsis PMS1 expression.2013 · DOI: 10.1007/s11033-012-2269-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032046 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0000710 meiotic mismatch repair 生物过程

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G09140

hsa:4292

mmu:17350

rno:81685

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937

排名 1 · TkA08G144730 · TK1151

细胞质0.144

排名 2 · TkA08G144730 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA08G144730 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA08G144730 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA08G144730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02518HATPase_c34-97 aa

PF13589HATPase_c_337-139 aa

PF02518HATPase_c195-237 aa

PF01119DNA_mis_repair223-343 aa

PF16413Mlh1_C439-718 aa

PF13589HATPase_c_3533-554 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G144730	`PF02518`	HATPase_c	34	97	1e-07	33.1
TkA08G144730	`PF13589`	HATPase_c_3	37	139	1e-13	52.2
TkA08G144730	`PF02518`	HATPase_c	195	237	1e-07	33.1
TkA08G144730	`PF01119`	DNA_mis_repair	223	343	1.6e-29	102.7
TkA08G144730	`PF16413`	Mlh1_C	439	718	2.6e-85	286.8
TkA08G144730	`PF13589`	HATPase_c_3	533	554	1e-13	52.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZRV4`	拟南芥	sp\|Q9ZRV4\|MLH1_ARATH DNA mismatch repair protein MLH1	72.400%	Swiss-Prot	高置信

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