TkA07G357490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G357490

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 89551790-89553537 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1583 bp · TkA07G357490|TK1151|cDNA

GACAACCTAGGTTATTATATTATAAATTTATATTTGATCACTTTTCATATTTATTTATTTTGTTTACTGGTAATTTATATATTGGTTTACGATTATGTGTCATCGGCTAGCCGTTACCTCCCCTGTTACCCTCTCCTTGTCTCCGGTGTAACCCCGTCGTCAACCACCAACGATTGTCGGAAAACGGGAAGCCCAAACCCTCCGTCTCTACTGTAATTTCAGCACCCAATTATATGCAATAGGATATTAATCGGAAGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · TkA07G357490|TK1151|CDS

ATGAAGAGACACCGACCCATCCCGTCGCCGCCGTCAATAACCACGGCTACTCGAGAACCCATCCTCTCAAAAATCACCGCAAACAATTCCATATCCTCATACTACTCTTCCAAGAAACCTAGAAAACCCCTTCTTTCCGACCTCAAAACCCCCAAACGGGTAACCCTAAATCTAAACAAATCAGAGCTCTTTTTACCACTCACATTCCCCACCGGGCAAACATTCAGGTGGAAACAAACATCCCCTTCTCAATACACAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · TkA07G357490|TK1151|PROTEIN

MKRHRPIPSPPSITTATREPILSKITANNSISSYYSSKKPRKPLLSDLKTPKRVTLNLNKSELFLPLTFPTGQTFRWKQTSPSQYTGVVGSHLVSLLQLQDANGTDVAYTFHNTPISNQSAAKSALLDFLNMSICLSDLWKEFSASDQRFAELAEHLSGARVLRQDPLECLIQFICSSNNNIKRITQMVDFISSLGNHLGVVEGIEFHEFPTLDRLSKVSEEELRKAGFGYRAKYITGTVQSLQSKPGGGEAWLASLRKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G357490`
TK1151 ID	TkA07G357490
OH-1004 ID	LXL04_029907
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G357490

位置 Chr07:89551790-89553537 (-)

描述 Similar to OGG1: N-glycosylase/DNA lyase OGG1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21710`	通过在 8-oxoG 残基处切割 DNA 来参与修复因氧化而受损的 DNA。	A functional OGG1 homologue from Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1007/s004380000414 An OGG1 orthologue encoding a functional 8-oxoguanine DNA glycosylase/lyase in Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1023/a:1013644026132 Arabidopsis thaliana Ogg1 protein excises 8-hydroxyguanine and 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine from oxidatively damaged DNA containing multiple lesions.2003 · DOI: 10.1021/bi027226u Overexpression of AtOGG1, a DNA glycosylase/AP lyase, enhances seed longevity and abiotic stress tolerance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/jxb/ers093

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029907 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006285 base-excision repair, AP site formation 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0032355 response to estradiol 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21710

dme:Dmel_CG1795

hsa:4968

mmu:18294

rno:81528

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.667

排名 1 · TkA07G357490 · TK1151

质体0.166

排名 2 · TkA07G357490 · TK1151

细胞质0.165

排名 3 · TkA07G357490 · TK1151

线粒体0.153

排名 4 · TkA07G357490 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA07G357490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799LRR_428-34 aa

PF07934OGG_N56-171 aa

PF26998DUF8323142-199 aa

PF00730HhH-GPD172-309 aa

PF12799LRR_4174-185 aa

PF12826HHH_2208-225 aa

PF14520HHH_5210-230 aa

PF00633HHH212-226 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G357490	`PF12799`	LRR_4	28	34	0.06	14.3
TkA07G357490	`PF07934`	OGG_N	56	171	4.2e-25	88.9
TkA07G357490	`PF26998`	DUF8323	142	199	0.079	13.9
TkA07G357490	`PF00730`	HhH-GPD	172	309	3.6e-10	40.9
TkA07G357490	`PF12799`	LRR_4	174	185	0.06	14.3
TkA07G357490	`PF12826`	HHH_2	208	225	0.00089	20.1
TkA07G357490	`PF14520`	HHH_5	210	230	0.11	13.7
TkA07G357490	`PF00633`	HHH	212	226	2.8e-05	24.4
TkA07G357490	`PF12799`	LRR_4	254	273	0.06	14.3
TkA07G357490	`PF21176`	RecR_HhH	263	291	5.7e-05	23.6
TkA07G357490	`PF12826`	HHH_2	263	291	0.00089	20.1
TkA07G357490	`PF14520`	HHH_5	265	281	0.11	13.7
TkA07G357490	`PF00633`	HHH	266	285	2.8e-05	24.4
TkA07G357490	`PF00730`	HhH-GPD	324	357	3.6e-10	40.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNY7`	拟南芥	sp\|Q9FNY7\|OGG1_ARATH N-glycosylase/DNA lyase OGG1	63.600%	Swiss-Prot	高置信

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