TkA06G164350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G164350

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 43249670-43251671 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

897 bp · TkA06G164350|TK1151|cDNA

ATGCAACTCTTTGGAAGTTCTGAGATCAATCCATCTCTGCTGGTACCGACGGCATCAGGCAACAATACACACATGATGTATGTGTTGAATAGAAATGACGTTTGTTTGATTTACAGGGAGTGGAATCACCCTCTTTGTGCCCTCTATTCCAACCAGGATCATAAGCTCATGTTTGGTCTCCTTTTCTCTCTCAAATCCCTAACCGCAAAGATGGATCCATCTAGGTTTGTTTCATTTTACATGTACAATTCTAGGGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

897 bp · TkA06G164350|TK1151|CDS

ATGCAACTCTTTGGAAGTTCTGAGATCAATCCATCTCTGCTGGTACCGACGGCATCAGGCAACAATACACACATGATGTATGTGTTGAATAGAAATGACGTTTGTTTGATTTACAGGGAGTGGAATCACCCTCTTTGTGCCCTCTATTCCAACCAGGATCATAAGCTCATGTTTGGTCTCCTTTTCTCTCTCAAATCCCTAACCGCAAAGATGGATCCATCTAGGTTTGTTTCATTTTACATGTACAATTCTAGGGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

298 aa · TkA06G164350|TK1151|PROTEIN

MQLFGSSEINPSLLVPTASGNNTHMMYVLNRNDVCLIYREWNHPLCALYSNQDHKLMFGLLFSLKSLTAKMDPSRFVSFYMYNSRDEGVEKVVEFMDAYSINQEDFQSLMAMSKFQGRPSLLEGVLPAVKAALTKAYNKGSKLRVIRTADLITLPWIKKAPNNRVAAMLESVDDVALENQENNNSDAEDLDFLEGVEFHDAGDNYVGPLLTKGVPSLFSDLSPLYDHPGNSRTVGHWVFVVIDMKAGKCYYLDSLKHSTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G164350`
TK1151 ID	TkA06G164350
OH-1004 ID	LXL04_027406
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	75.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 35.906 / OH-1004 54.667 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G164350

位置 Chr06:43249670-43251671 (-)

描述 Similar to RFC1: Replication factor C subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22010`	发挥转录基因沉默、DNA 复制、DNA 修复、超敏反应和端粒长度调节介体的作用。	Arabidopsis replication factor C subunit 1 plays an important role in embryogenesis.2007 · PMID: 17556804 DNA replication factor C1 mediates genomic stability and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076349 Replication factor C1 (RFC1) is required for double-strand break repair during meiotic homologous recombination in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12024 The DNA replication factor RFC1 is required for interference-sensitive meiotic crossovers in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003039
`At1g80410`	NatA N-α-乙酰转移酶复合物的辅助亚基。	Protein N-terminal acetylation is required for embryogenesis in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw257 NatA is required for suspensor development in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1080/15592324.2016.1231293

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0572100`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006901 vesicle coating 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0099022 vesicle tethering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22010

dosa:Os11g0572100

hsa:58485

mmu:245828

rno:287427

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.861

排名 1 · TkA06G164350 · TK1151

细胞质0.205

排名 2 · TkA06G164350 · TK1151

细胞膜0.040

排名 3 · TkA06G164350 · TK1151

线粒体0.028

排名 4 · TkA06G164350 · TK1151

内质网0.026

排名 5 · TkA06G164350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04099Sybindin24-74 aa

PF08519RFC183-139 aa

PF12569NatA_aux_su159-245 aa

PF02902Peptidase_C48235-284 aa

PF04099Sybindin244-267 aa

PF08519RFC1254-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G164350	`PF04099`	Sybindin	24	74	1.7e-11	45.1
TkA06G164350	`PF08519`	RFC1	83	139	2.2e-11	44.8
TkA06G164350	`PF12569`	NatA_aux_su	159	245	5.6e-11	42.8
TkA06G164350	`PF02902`	Peptidase_C48	235	284	0.00011	22.9
TkA06G164350	`PF04099`	Sybindin	244	267	1.7e-11	45.1
TkA06G164350	`PF08519`	RFC1	254	265	2.2e-11	44.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C587`	拟南芥	sp\|Q9C587\|RFC1_ARATH Replication factor C subunit 1	49.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8VZM1`	拟南芥	sp\|Q8VZM1\|NAA15_ARATH N-terminal acetyltransferase A complex auxiliary subunit NAA15	69.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q2R2B4`	水稻	sp\|Q2R2B4\|RFC1_ORYSJ Replication factor C subunit 1	39.500%	Swiss-Prot	中等置信

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