TkA06G032680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G032680

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 8811597-8815729 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2273 bp · TkA06G032680|TK1151|cDNA

AATTCAACCAATCTGTGTGTCATGTGTGTATATATATACCATGACCAAACATGAACAAGACTAAACCCCCCAACTAAGCTGGCCGGATCAGATGGAAGAGATAATGTCAGAGACACGATCGCCGATGCCATTGTTGTATAGACGACATTCAAGCGGGGAGGTGATGAAAAACTTAGCTTCTGTCTCGAGCAGTCTCTTGCCTGCTTTTGGAACTCTGGTCGGCGATGATTCTCCTCCTCTTAAGAAATATGTCATTGCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1884 bp · TkA06G032680|TK1151|CDS

ATGGAAGAGATAATGTCAGAGACACGATCGCCGATGCCATTGTTGTATAGACGACATTCAAGCGGGGAGGTGATGAAAAACTTAGCTTCTGTCTCGAGCAGTCTCTTGCCTGCTTTTGGAACTCTGGTCGGCGATGATTCTCCTCCTCTTAAGAAATATGTCATTGCACCTTATGATCGTAGGTATCGGTGGTGGCAAGCATTTTTGGTTGTATTAGTCATCTACTCGGCATGGTCATCACCTTTCGAGTTAGCTTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

627 aa · TkA06G032680|TK1151|PROTEIN

MEEIMSETRSPMPLLYRRHSSGEVMKNLASVSSSLLPAFGTLVGDDSPPLKKYVIAPYDRRYRWWQAFLVVLVIYSAWSSPFELAFKDVATSSLMFLDLVVDLFFAIDIILTFFVAYLDKSTYLLVDDHKKIAIRYVTHMMFLMDVASTMPFQSLYRLFTGKLHHGQAFGFLNLLRLWRLRRVSDLFSRLEKDTRFSYFLTRCTKLICVTLFAVHSAGCFYYWIATHHSPSEKTWIGSIIQDFEDRSIWLGYTYALYWSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G032680`
TK1151 ID	TkA06G032680
OH-1004 ID	LXL04_025862
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G032680

位置 Chr06:8811597-8815729 (-)

描述 Similar to KAT3: Potassium channel KAT3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32650`	可能的入向整流钾通道调节（α）亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g46240`	高选择性内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`At4g18290`	高选择性内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0718700`	推测的内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`Os06g0254200`	推测的内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025862 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0034702 monoatomic ion channel complex 细胞组分

GO:0005242 inward rectifier potassium channel activity 分子功能

GO:0005249 voltage-gated potassium channel activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G32650

ath:AT5G46240

dosa:Os01g0648000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.607

排名 1 · TkA06G032680 · TK1151

细胞质0.175

排名 2 · TkA06G032680 · TK1151

内质网0.136

排名 3 · TkA06G032680 · TK1151

溶酶体／液泡0.106

排名 4 · TkA06G032680 · TK1151

高尔基体0.082

排名 5 · TkA06G032680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00520Ion_trans62-307 aa

PF24810RBD_LARS1110-155 aa

PF07885Ion_trans_2237-304 aa

PF11834KHA312-327 aa

PF02212GED313-355 aa

PF00027cNMP_binding402-484 aa

PF26552DUF8181478-536 aa

PF24810RBD_LARS1490-517 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G032680	`PF00520`	Ion_trans	62	307	2.2e-39	135.8
TkA06G032680	`PF24810`	RBD_LARS1	110	155	0.27	12.0
TkA06G032680	`PF07885`	Ion_trans_2	237	304	1.7e-13	51.0
TkA06G032680	`PF11834`	KHA	312	327	7.6e-23	81.0
TkA06G032680	`PF02212`	GED	313	355	0.14	13.0
TkA06G032680	`PF00027`	cNMP_binding	402	484	1.2e-15	57.9
TkA06G032680	`PF26552`	DUF8181	478	536	0.2	12.9
TkA06G032680	`PF24810`	RBD_LARS1	490	517	0.27	12.0
TkA06G032680	`PF02212`	GED	493	515	0.14	13.0
TkA06G032680	`PF11834`	KHA	558	626	7.6e-23	81.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92960`	拟南芥	sp\|P92960\|KAT3_ARATH Potassium channel KAT3	57.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q39128`	拟南芥	sp\|Q39128\|KAT1_ARATH Potassium channel KAT1	44.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q38849`	拟南芥	sp\|Q38849\|KAT2_ARATH Potassium channel KAT2	44.200%	Swiss-Prot	中等置信
`A2ZX97`	水稻	sp\|A2ZX97\|KAT6_ORYSJ Potassium channel KAT6	51.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q652U9`	水稻	sp\|Q652U9\|KAT4_ORYSJ Potassium channel KAT4	51.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情