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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G140390
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 36543043-36544497 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

902 bp · TkA05G140390|TK1151|cDNA

AGAAAAGGTTACCCTACAACACCAGATCATGATATGCTCCCAGTTCAAAATAACAAGAATGAGGGACAAGTAGCAGCTCCTGAAACTGAATCGCCCAAGTGTGTTTTTCAATTAAGTTTGCGGGAGAGACTACAACTCCTGTGACAAAGTTGTCGGATAACAGTTGTAGTAAAGATTGGATGTTAAATTCAGGAGAAATGTCAGTTAGTCAACCGAAGCCAAGGTTTAAAAGATTACGTAAATATGGTGATATAAAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

591 bp · TkA05G140390|TK1151|CDS

ATGTTAAATTCAGGAGAAATGTCAGTTAGTCAACCGAAGCCAAGGTTTAAAAGATTACGTAAATATGGTGATATAAAAGCTCGAAATTTGTCACAAGTGGAAGTTGTAGGCCGTACATCTTGTGCTCCATTTTCCAATAAGCGCAGTAGAGGTGACAAGAAGGTGTTAAATGATGCCAGAATTTTTATCGACAATGAGGCCGAGGTGTCTTCAGAAGGGTCTGGTGATGAGGATGAGGGTGTTGACCAGGGTCAAGATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

196 aa · TkA05G140390|TK1151|PROTEIN

MLNSGEMSVSQPKPRFKRLRKYGDIKARNLSQVEVVGRTSCAPFSNKRSRGDKKVLNDARIFIDNEAEVSSEGSGDEDEGVDQGQDSYDDSFIDDRINPTVAMQDECDMMAIYRRSLLTQSPAMRTPQFPVEEGGSTSRTTNTNNYSTSVSFNTARLTSDTGIPTTTTGITSTDSGIWKESRVFLMVTHTHYRFVT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G140390
TK1151 IDTkA05G140390
OH-1004 IDLXL04_020121
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 90.306 / OH-1004 56.325
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G140390
位置Chr05:36543043-36544497 (+)
描述Similar to FANCM: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g35530 参与体细胞和减数分裂细胞中有序的同源重组（HR）事件。
The Fanconi anemia ortholog FANCM ensures ordered homologous recombination in both somatic and meiotic cells in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.096644
FANCM limits meiotic crossovers.2012 · DOI: 10.1126/science.1220381
The requirement for recombination factors differs considerably between different pathways of homologous double-strand break repair in somatic plant cells.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05119.x
MHF1 plays Fanconi anaemia complementation group M protein (FANCM)-dependent and FANCM-independent roles in DNA repair and homologous recombination in plants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12507
FANCM-associated proteins MHF1 and MHF2, but not the other Fanconi anemia factors, limit meiotic crossovers.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku614
AAA-ATPase FIDGETIN-LIKE 1 and Helicase FANCM Antagonize Meiotic Crossovers by Distinct Mechanisms.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005369

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020121 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程
GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程
GO:0045128 negative regulation of reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000400 four-way junction DNA binding 分子功能
GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0009378 four-way junction helicase activity 分子功能
GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能
GO:0043138 3'-5' DNA helicase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G35530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.924
排名 1 · TkA05G140390 · TK1151
细胞质0.222
排名 2 · TkA05G140390 · TK1151
线粒体0.025
排名 3 · TkA05G140390 · TK1151
细胞膜0.018
排名 4 · TkA05G140390 · TK1151
内质网0.008
排名 5 · TkA05G140390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11942Spt5_N62-99 aa
PF059024_1_CTD138-183 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G140390PF11942Spt5_N62990.02416.3
TkA05G140390PF059024_1_CTD1381830.2612.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
I3XHK1拟南芥sp|I3XHK1|FANCM_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM37.700%Swiss-Prot中等置信

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