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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G071490
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 19079865-19080475 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

506 bp · TkA05G071490|TK1151|cDNA

TTCTTCACGCAATCTTCTTTTTTTTCAACAAAACCCCAATTTACGGAGAGTTGTTCGTATACATGTAAATGGCGAAAAGCGGGGTGTTTGAAAGGGATCCCACCGCCGCAACGAAGGTGGCCACCGACAACTTGAAGAAGGAATTACAGCGACTTGTTAATTCGATTGTGGAGGAATCTTCACCAGATGAAGAAAACGGATTTGGATTTACGGATTGTATTGATAGAGCTACTCAAACTTTACAGAGTTTGAAGGATTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

324 bp · TkA05G071490|TK1151|CDS

ATGGCGAAAAGCGGGGTGTTTGAAAGGGATCCCACCGCCGCAACGAAGGTGGCCACCGACAACTTGAAGAAGGAATTACAGCGACTTGTTAATTCGATTGTGGAGGAATCTTCACCAGATGAAGAAAACGGATTTGGATTTACGGATTGTATTGATAGAGCTACTCAAACTTTACAGAGTTTGAAGGATTTGAAACATCGATCATTAGATAATACGAGTTTTGATTCGTGCCCTAAAGAATTCAACTGCCCCCTTTCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

107 aa · TkA05G071490|TK1151|PROTEIN

MAKSGVFERDPTAATKVATDNLKKELQRLVNSIVEESSPDEENGFGFTDCIDRATQTLQSLKDLKHRSLDNTSFDSCPKEFNCPLSKEIMRDPVIISSGETYDRASI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G071490
TK1151 IDTkA05G071490
OH-1004 IDLXL04_000789
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.458 / OH-1004 20.161
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G071490
位置Chr05:19079865-19080475 (+)
描述Similar to PUB9: U-box domain-containing protein 9
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g07360 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
Interactions between the S-domain receptor kinases and AtPUB-ARM E3 ubiquitin ligases suggest a conserved signaling pathway in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123380
At5g18320 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0234300 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000789 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G07360
ath:AT3G46510
ath:AT5G18320
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.661
排名 1 · TkA05G071490 · TK1151
细胞质0.452
排名 2 · TkA05G071490 · TK1151
细胞膜0.044
排名 3 · TkA05G071490 · TK1151
线粒体0.041
排名 4 · TkA05G071490 · TK1151
内质网0.030
排名 5 · TkA05G071490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box11-24 aa
PF20669Exo70_N16-31 aa
PF20669Exo70_N36-71 aa
PF04564U-box78-107 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G071490PF04564U-box11246.5e-1039.8
TkA05G071490PF20669Exo70_N16310.03215.2
TkA05G071490PF20669Exo70_N36710.03215.2
TkA05G071490PF04564U-box781076.5e-1039.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRT0拟南芥sp|Q9SRT0|PUB9_ARATH U-box domain-containing protein 941.600%Swiss-Prot中等置信
Q3E9F7拟南芥sp|Q3E9F7|PUB46_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4635.400%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1431.700%Swiss-Prot中等置信
Q6EUK7水稻sp|Q6EUK7|PUB04_ORYSJ U-box domain-containing protein 465.800%Swiss-Prot低置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1234.300%Swiss-Prot中等置信

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