RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G470340
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 118795759-118803682 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5213 bp · TkA04G470340|TK1151|cDNA

AAAAACCACCTCCTACCAAAATCAATCTACAAAACCTCACTCACAGTCACTTGTACTGTTGTACACAATAAATAAAACACTCAACCGAAAGCCATCATAAATCGTGATACATCGAAGAATCCCTACAACAAGCAACCTTACACTTCAAAGGGGTATAACGTTCATCTATCCAAAAATCTTACCGGAAAATCAAACTCCGGATCTGTGTTCCTTTCTCGGTTTAGAAAATGGGAACGGCGAAGTTGTTAGATTCGGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4713 bp · TkA04G470340|TK1151|CDS

ATGGGAACGGCGAAGTTGTTAGATTCGGAAGAAGGTGGTGCGGTGAAACCAGCAGAAATGAAGAAAAAAAGAAAACAAGCCAAACCAACCACAGAGACATCTGATGTTACAATGGAAGATAAACCAAATGTCCCCACCAAAACCAAACCAAAAAGAGGAAGATCATCAAACACCACAGACCCCCCTCAAGTTTCCAGAAAGATGCCAAAACGAGCTGCTTCTTGCACCGACTTCAAAACCAAACCAGTCCGCCTTTCCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1570 aa · TkA04G470340|TK1151|PROTEIN

MGTAKLLDSEEGGAVKPAEMKKKRKQAKPTTETSDVTMEDKPNVPTKTKPKRGRSSNTTDPPQVSRKMPKRAASCTDFKTKPVRLSEKSSTIENKKVKIVEEEIAALSIVPGPDDPRPNRRLTDFILHDENGNPQPVEMLEVNDLYISGQILPLEKTSEKEKEKEIGVRCEGFGRIEDWSISGYEDGSPVIWVSTELADYDCVKPSGTYRKLFGLFQEKANACIQVYKRLSKSSGGNPDLSLDELLASLVRSMSGSKNFP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G470340
TK1151 IDTkA04G470340
OH-1004 IDLXL04_038842
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G470340
位置Chr04:118795759-118803682 (+)
描述Similar to MET1B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g49160 维持染色质CpG甲基化，在基因组印记、胚胎发生调节和种子活力中起作用。 暂无已核实直接文献
At4g14140 维持染色质CpG甲基化，在基因组印记、胚胎发生调节和种子活力中起作用。 暂无已核实直接文献
At4g08990 维持染色质CpG甲基化，在基因组印记、胚胎发生调节和种子活力中起作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0182900 主要 CG 甲基化酶，可甲基化染色质 CpG 残基并维持 DNA 甲基化。
The MET1b gene encoding a maintenance DNA methyltransferase is indispensable for normal development in rice.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0178-9
Mutation of a major CG methylase in rice causes genome-wide hypomethylation, dysregulated genome expression, and seedling lethality.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1410761111
Os03g0798300 可能使 CpG 残基甲基化并维持 DNA 甲基化。
Characterization of two rice DNA methyltransferase genes and RNAi-mediated reactivation of a silenced transgene in rice callus.2004 · DOI: 10.1007/s00425-003-1112-6
The MET1b gene encoding a maintenance DNA methyltransferase is indispensable for normal development in rice.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0178-9
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038842 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程
GO:0010229 inflorescence development 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程
GO:0071514 genomic imprinting 生物过程
GO:0141044 epigenetic programming in the endosperm 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G08990
ath:AT4G14140
ath:AT5G49160
dosa:Os03g0798300
dosa:Os07g0182900
osa:4334435
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.930
排名 1 · TkA04G470340 · TK1151
细胞质0.108
排名 2 · TkA04G470340 · TK1151
细胞膜0.033
排名 3 · TkA04G470340 · TK1151
内质网0.017
排名 4 · TkA04G470340 · TK1151
线粒体0.016
排名 5 · TkA04G470340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12047DNMT1-RFD115-251 aa
PF17079SOTI249-266 aa
PF12047DNMT1-RFD420-571 aa
PF17079SOTI632-681 aa
PF01426BAH772-902 aa
PF17079SOTI775-808 aa
PF01426BAH944-1083 aa
PF00145DNA_methylase1131-1174 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G470340PF12047DNMT1-RFD1152511.4e-78262.6
TkA04G470340PF17079SOTI2492660.2212.7
TkA04G470340PF12047DNMT1-RFD4205711.4e-78262.6
TkA04G470340PF17079SOTI6326810.2212.7
TkA04G470340PF01426BAH7729025.4e-39133.6
TkA04G470340PF17079SOTI7758080.2212.7
TkA04G470340PF01426BAH94410835.4e-39133.6
TkA04G470340PF00145DNA_methylase113111745.1e-48164.9
TkA04G470340PF00145DNA_methylase121215595.1e-48164.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P34881拟南芥sp|P34881|DNMT1_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase 158.300%Swiss-Prot高置信
O23273拟南芥sp|O23273|DNMT4_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase 457.700%Swiss-Prot高置信
Q9M0S8拟南芥sp|Q9M0S8|DNMT2_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase 256.800%Swiss-Prot高置信
B1Q3J6水稻sp|B1Q3J6|DNM1B_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1B59.800%Swiss-Prot高置信
Q7Y1I7水稻sp|Q7Y1I7|DNM1A_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1A58.400%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看