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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G373630
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 93908609-93913260 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2742 bp · TkA04G373630|TK1151|cDNA

GTCGCCTCTATAATCTCCTACATTTTAGAGTTTAACCAGTAAAATAGTCGCACTAGCAGATTCAACACTGTAACTTCCTCCTGATCCCCCTCCCTCTCGAATTGACTTTCATATATCACATTATTCACACAATTTACAGGTTTCAATTAACCCTCTCTTCCAACCAAAATCCTTTATTTAACGAGCGAAAATCCCATTCGAAGATTTGGTTTAAACCCACCTCCCAATTGAAGTTTCTGTTCTTATTGGATTTGAATCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1623 bp · TkA04G373630|TK1151|CDS

ATGGACTTTTCAGAATCTACGAAAATCGTATACGATAGGATCCAAAAAATCGATCCTGAAAATGTCTCCAAGATTGTTGGATACCTTCTTCTACAAGATCATGGTGAAAGAGAAATGATAAGATTAGCATATTGCCCCGATAACTTAATCCACTCTTTAATCAAAAAAGCAAAATCCCACCTCAATTTACTACCCAATTCCAAAATCCCCGAAATGCCCCTACACTTCACACCATTCACACCTTCAACCCCTACCACCCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

540 aa · TkA04G373630|TK1151|PROTEIN

MDFSESTKIVYDRIQKIDPENVSKIVGYLLLQDHGEREMIRLAYCPDNLIHSLIKKAKSHLNLLPNSKIPEMPLHFTPFTPSTPTTRHSPLTIQIPSQPVDYLPMVNYPASFPEDYNLLHNHNRLRFLDDPFDSVNSVNSPDFSLGHIRANRRSPSLPEFPFKVCHYFIKGFCRHGNNCRYLHPTSELTFNYFEDETVFSPGSLEKLELELTELLKARKGFPLSIASLPMMYYEKFGKSLQAEGYLTESQRHGKAGYSLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G373630
TK1151 IDTkA04G373630
OH-1004 IDLXL04_037999
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G373630
位置Chr04:93908609-93913260 (+)
描述Similar to At2g05160: Zinc finger CCCH domain-containing protein 18
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g05160 具有体外核糖核酸酶活性。 暂无已核实直接文献
At3g51950 体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0126700 含锌指CCCH结构域的蛋白54。 暂无已核实直接文献
Os03g0328900 含锌指CCCH结构域的蛋白22。 暂无已核实直接文献
Os07g0583300 假定锌指 CCCH 域蛋白 51。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037999 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004518 nuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G05160
ath:AT3G51950
dosa:Os08g0126700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.566
排名 1 · TkA04G373630 · TK1151
细胞核0.465
排名 2 · TkA04G373630 · TK1151
细胞膜0.055
排名 3 · TkA04G373630 · TK1151
线粒体0.047
排名 4 · TkA04G373630 · TK1151
内质网0.035
排名 5 · TkA04G373630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23182PABC_AtC3H461-66 aa
PF00658MLLE10-49 aa
PF16131Torus163-184 aa
PF18044zf-CCCH_4163-184 aa
PF22628zf-CCCH_10164-189 aa
PF00642zf-CCCH164-184 aa
PF18345zf_CCCH_4165-183 aa
PF14608zf-CCCH_2165-184 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G373630PF23182PABC_AtC3H461661.2e-34119.1
TkA04G373630PF00658MLLE10490.1113.2
TkA04G373630PF16131Torus1631844.5e-0524.7
TkA04G373630PF18044zf-CCCH_41631849.4e-0522.8
TkA04G373630PF22628zf-CCCH_101641890.000320.9
TkA04G373630PF00642zf-CCCH1641840.001119.5
TkA04G373630PF18345zf_CCCH_41651833.8e-0524.3
TkA04G373630PF14608zf-CCCH_21651840.09114.0
TkA04G373630PF25585zf-CCCH_DUS3L1651830.1812.5
TkA04G373630PF12872OST-HTH2032790.001119.5
TkA04G373630PF23085RRM_PARP14_33253880.08113.7
TkA04G373630PF00076RRM_13263752.1e-0525.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJ41拟南芥sp|Q9SJ41|C3H18_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 1846.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SV09拟南芥sp|Q9SV09|C3H46_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4637.200%Swiss-Prot中等置信
Q6ZK57水稻sp|Q6ZK57|C3H54_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 5436.000%Swiss-Prot中等置信
Q10M00水稻sp|Q10M00|C3H22_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 2229.600%Swiss-Prot低置信
Q84ZT0水稻sp|Q84ZT0|C3H51_ORYSJ Putative zinc finger CCCH domain-containing protein 5143.900%Swiss-Prot中等置信

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