TkA03G555770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G555770

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140694850-140696988 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1362 bp · TkA03G555770|TK1151|cDNA

CTTTGACATATGTGATAAGATTTGAAAATGGTGGCTTCCAAAGATTCACCACCTATTTACAACATATTATTCTTTTTCATTTATCATGTATTTTCTGATTTCTCTACCTTTTTCCGATGTTCTCCAAAGTCGAGCAAAACGGATCTGTGAAATTACTGGATGTCGTGACTCGAATCTGATCCGAACTACGAACCAGATCTGGAACGGCGAGAGTTCTCCGCCACTGTGATTGTTAGATATCAGATCTCCTCTGACGCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

831 bp · TkA03G555770|TK1151|CDS

ATGCAGGCTCGGATCAAAAAAATAATGCAAGCGGATGAAGATGTTGGAAAAATCGCCATGGCTGTGCCTGTTTTAGTTTCAAAAGCTTTGGAGCTATTTCTCCAAGATCTTTGTGATCGTACATATGACATAACTCTACGCAGAGGTGCAAAAACTGTTAACTCACTGCATCTAAAGCACTGTGTGCAAAGCTACAATGTATTTGATTTTCTGAGAGAAGTTGTGAGTAAGGTCCCTGACTATGGCCATTCTGATGCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

276 aa · TkA03G555770|TK1151|PROTEIN

MQARIKKIMQADEDVGKIAMAVPVLVSKALELFLQDLCDRTYDITLRRGAKTVNSLHLKHCVQSYNVFDFLREVVSKVPDYGHSDAGVDDRTMIKRKKAAAGETNDSDEELKRNRMVKNEARQTSSNGRGRGRGRGRGRGRGRGSTDREAPHTETELESYTPVIQPTATTAATSAANDGGRDFDLNAGVDENMEKVSSDGVDGGTLQQPPPPPPLLPPESVPVPGGGGGGGGGVEQKKEDDSGMSLTEMDRMVIDTGNLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G555770`
TK1151 ID	TkA03G555770
OH-1004 ID	LXL04_010927
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.275 / OH-1004 96.113 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G555770`
位置	Chr03:140694850-140696988 (+)
描述	Similar to Drap1: Dr1-associated corepressor
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010927` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0017055 negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0017054 negative cofactor 2 complex 细胞组分 GO:0043596 nuclear replication fork 细胞组分 GO:0090575 RNA polymerase II transcription regulator complex 细胞组分 GO:0001046 core promoter sequence-specific DNA binding 分子功能 GO:0001091 RNA polymerase II general transcription initiation factor binding 分子功能 GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:540345 hsa:10589 mmu:66556 rno:293674 spo:2542201 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.983

排名 1 · TkA03G555770 · TK1151

细胞质0.085

排名 2 · TkA03G555770 · TK1151

细胞膜0.017

排名 3 · TkA03G555770 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA03G555770 · TK1151

线粒体0.007

排名 5 · TkA03G555770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00808CBFD_NFYB_HMF3-62 aa

PF00125Histone4-59 aa

PF05918API5110-144 aa

PF13865FoP_duplication113-158 aa

PF15708PRR20118-169 aa

PF25698EBNA2_Core119-150 aa

PF25698EBNA2_Core209-219 aa

PF13865FoP_duplication226-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G555770	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	3	62	1.6e-17	64.2
TkA03G555770	`PF00125`	Histone	4	59	0.16	13.1
TkA03G555770	`PF05918`	API5	110	144	0.036	13.7
TkA03G555770	`PF13865`	FoP_duplication	113	158	0.11	13.9
TkA03G555770	`PF15708`	PRR20	118	169	0.081	13.6
TkA03G555770	`PF25698`	EBNA2_Core	119	150	0.00082	19.2
TkA03G555770	`PF25698`	EBNA2_Core	209	219	0.00082	19.2
TkA03G555770	`PF13865`	FoP_duplication	226	251	0.11	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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