TkA03G542820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G542820

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 136865868-136869599 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2151 bp · TkA03G542820|TK1151|cDNA

ACGTGTCCTGATCTAAGTGCCACTGTTTATAATGGACACGCAAAGGTTATTTAATGGACTAGATTGCTCCATCTTTGATTGACTTAAGTGAAGTATCTATATGAAATCCCCCAAAAGTGGATTGAATTCTCTTCATGCTAATGGACTAATGGTATCCATGGAGTTTAAAAGCACCCGATACACGCACAGCCACAAAAATCTTTAGAGCTCTCCTAATCCCTCACGTTTTTGCCGTAATTTTTGACTGCAAAAACCCAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

891 bp · TkA03G542820|TK1151|CDS

ATGCTTATTTCATTTCAACATGGCGCATTTATACCTGGTTATCCGATTCAACCAGTTATTGTTCGTTATCCTCATGTACATTTTGATCAATCATGGGGTCATATTGCTTTGGCGACACTCATGTTTAGGATGTTCACACAGTTTCATAATTTCATGGAGATTGAATATCTTCCAGTTATTTCACCATCTGAACATTATAAGGAAAGTGCTGTTCGTTTTGCTGAGAAAACAGGTAGATCCATGGCTCGTGCTCTGAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

296 aa · TkA03G542820|TK1151|PROTEIN

MLISFQHGAFIPGYPIQPVIVRYPHVHFDQSWGHIALATLMFRMFTQFHNFMEIEYLPVISPSEHYKESAVRFAEKTGRSMARALNVVQTSHSFLDYLLLSKAADSGHENPSLFVVEMAKIQQLFPLSSSDALDLLDRFLAMNPDPSGNVKIQDFLRVLRLKHCGLSQKMFDFIDVGKNGEIIFKEFLVGSAHILNQPLFQQACELAFTETDIDQDLHIDEQQLGASLMPAMGSLSTDEIGGLFSLFDGDNDGRISKGDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G542820`
TK1151 ID	TkA03G542820
OH-1004 ID	LXL04_010678
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 53.623 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G542820

位置 Chr03:136865868-136869599 (-)

描述 Similar to LPEAT2: Lysophospholipid acyltransferase LPEAT2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45670`	具有酰基辅酶A依赖性溶血磷脂酰基转移酶活性，以溶血磷脂子集为底物。	Characterization of two Arabidopsis thaliana acyltransferases with preference for lysophosphatidylethanolamine.2009 · DOI: 10.1186/1471-2229-9-60 Acyl-CoA:Lysophosphatidylethanolamine Acyltransferase Activity Regulates Growth of Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00391

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006644 phospholipid metabolic process 生物过程

GO:0006654 phosphatidic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0030258 lipid modification 生物过程

GO:0036148 phosphatidylglycerol acyl-chain remodeling 生物过程

GO:0036151 phosphatidylcholine acyl-chain remodeling 生物过程

GO:0043129 surfactant homeostasis 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:2001246 negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45670

dme:Dmel_CG32699

hsa:79888

mmu:210992

rno:361467

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.410

排名 1 · TkA03G542820 · TK1151

线粒体0.217

排名 2 · TkA03G542820 · TK1151

细胞核0.196

排名 3 · TkA03G542820 · TK1151

内质网0.174

排名 4 · TkA03G542820 · TK1151

细胞膜0.152

排名 5 · TkA03G542820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23564EF-hand_FSTL1134-161 aa

PF13405EF-hand_6135-160 aa

PF13499EF-hand_7135-188 aa

PF14658EF-hand_9140-161 aa

PF00036EF-hand_1147-160 aa

PF12763EH151-190 aa

PF00036EF-hand_1168-188 aa

PF13833EF-hand_8168-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G542820	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	134	161	0.026	15.6
TkA03G542820	`PF13405`	EF-hand_6	135	160	4.6e-10	39.0
TkA03G542820	`PF13499`	EF-hand_7	135	188	5.2e-09	37.0
TkA03G542820	`PF14658`	EF-hand_9	140	161	0.23	12.6
TkA03G542820	`PF00036`	EF-hand_1	147	160	1.5e-08	34.3
TkA03G542820	`PF12763`	EH	151	190	0.038	14.6
TkA03G542820	`PF00036`	EF-hand_1	168	188	1.5e-08	34.3
TkA03G542820	`PF13833`	EF-hand_8	168	189	2.4e-06	27.9
TkA03G542820	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	168	188	0.026	15.6
TkA03G542820	`PF13405`	EF-hand_6	169	188	4.6e-10	39.0
TkA03G542820	`PF13202`	EF-hand_5	169	186	0.0098	16.1
TkA03G542820	`PF14658`	EF-hand_9	170	186	0.23	12.6
TkA03G542820	`PF13499`	EF-hand_7	204	262	5.2e-09	37.0
TkA03G542820	`PF13833`	EF-hand_8	204	216	2.4e-06	27.9
TkA03G542820	`PF00036`	EF-hand_1	206	225	1.5e-08	34.3
TkA03G542820	`PF13405`	EF-hand_6	207	229	4.6e-10	39.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S8S2`	拟南芥	sp\|Q8S8S2\|LPCT2_ARATH Lysophospholipid acyltransferase LPEAT2	60.500%	Swiss-Prot	高置信

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